Регистрация / Вход
Прислать материал

Создание диагностической панели для оценки качественного и количественного состава микробиоты содержимого кишечника

Докладчик: Абдулхаков Сайяр Рустамович

Должность: с.н.с. OpenLab "Генные и клеточные технологии", кандидат медицинских наук

Цель проекта:
1. Проект направлен на решение задачи по прогнозированию патологических состояний, связанных с изменением количественного и качественного состава микробиоты кишечника на фоне антибактериальной терапии (на примере эрадикационной терапии H.pylori). 2. Цель проекта - создать диагностическую панель для прогнозирования патологических состояний по качественному (устойчивость к антибиотикам) и количественному составу микробиоты содержимого кишечника у пациентов с Helicobacter pylori-ассоциированными заболеваниями на фоне проведения эрадикационной терапии. В качестве конечного продукта будет разработана диагностическая панель, которая позволит создать базу данных генов антибиотикорезистентности, формирующихся у представителей микробиоты кишечника на фоне применения антибактериальных препаратов, входящих в состав схем эрадикационной терапии.

Основные планируемые результаты проекта:
Основные результаты и их характеристики:
- Будет сформирован банк образцов микробиоты содержимого кишечника и получены метагеномные профили образцов микробиоты содержимого кишечника пациентов с H.pylori- ассоциированными заболеваниями до и после проведения различных курсов эрадикационной терапии, а также образцов микробиоты содержимого кишечника лиц контрольной группы, не имеющих H.pylori и не получавших ранее эрадикационную терапию.
- Будут определены гены антибиотикорезистентности и создана база данных, содержащая информацию о генах антибиотикорезистентности, формирующхся на фоне применения антибактериальных препаратов, входящих в схемы эрадикационной терапии, в случае эффективной и неэффективной эрадикационной терапии.
- Будет проведена оценка эффективности диагностических панелей с использованием данных полногеномного секвенирования на не менее чем 30 образцах микробиоты содержимого кишечника и выбран оптимальный вариант диагностической панели для последующего внедрения в клиническую практику.
Новизна применяемых решений обусловлена выбором методов оценки состояния микробиоты кишечника (полногеномное секвенирование, выявление генов резистентности). Проводимые работы являются уникальными, поскольку предполагают создание уникальной диагностической панели для оценки состояния и изменений микробиоты содержимого кишечника.
Для достижения цели и решения поставленных задач будут собраны образцы кала пациентов с H.pylori- ассоциированными заболеваниями до и после проведения различных курсов эрадикационной терапии, а также образцов микробиоты содержимого кишечника лиц контрольной группы, не имеющих H.pylori и не получавших ранее эрадикационную терапию. Образцы будут подвергнуты полногеномному секвенированию для выявления генов, лежащих в основе формирования устойчивости представителей кишечной микрофлоры к антибактериальным препаратам. Возможные риски связаны с ограниченным количеством H.pylori-негативных пациентов, которых планируется включить в состав контрольной группы.


Назначение и область применения, эффекты от внедрения результатов проекта:
1. Выявленные изменения микробиоты кишечника будут положены в основу для разработки рекомендаций по модификации схем эрадикационной терапии, а разработанная диагностическая модель будет использована для оценки состояния микрофлоры и возможных ее изменений при проведении антибактериальной терапии.

2. Полученные результаты по оценке качественного и количественного состава микробиоты содержимого кишечника будут внедрены в практику врачей-терапевтов, гастроэнтерологов и врачей общей практики при назначении ими эрадикационной терапии. Предполагаемыми потребителями созданного продукта будут: а) научно-клинические учреждения здравоохранения, специализированные лечебно-профилактические учреждения, учреждения высшего профессионального образования и науки;
б) научно-исследовательские молекулярно-биологические институты и лаборатории, биоинформатические лаборатории, занимающиеся биомаркерными исследованиями;
в) сетевые клинико-диагностические лаборатории и клинико-диагностические лаборатории медицинских учреждений разных форм собственности;
г) биотехнологические компании, выпускающие диагностические ПЦР-наборы;

3. Полученные результаты позволят оптимизировать схемы лечения с целью повышения эффективности и снижения вероятности формирования устойчивых штаммов микроорганизмов при последующих курсах антибактериальной терапии. Полученные с помощью созданной диагностической панели данные о формировании генов резистентности на фоне антибактериальной терапии станут основой для внесения изменений в существующие рекомендации по лечению инфекции H.pylori с учетом особенностей состава микробиоты и ее реагирования на прием антибактериальных препаратов.

Текущие результаты проекта:
На этапе 1 выполнения работ по проекту получены следующие результаты:
1. Проведен патентный поиск (отчет о патентных исследованиях).
2. Собраны образцы содержимого кишечника пациентов с H.pylori- ассоциированными заболеваниями до и после проведения различных курсов эрадикационной терапии, а также образцов микробиоты содержимого кишечника лиц контрольной группы, не имеющих H.pylori и не получавших ранее эрадикационную терапию (Акт о формировании коллекции образцов микробиоты кишечника).
3. Разработана методика оценки качества образцов (методика оценки качества образцов микробиоты кишечника).
4. Разработана методика подготовки и хранения образцов (методика подготовки и хранения образцов).
5. Разработан протокол полногеномного секвенирования образцов.
6. Написана статья (обзор литературы) «H.pylori, микробиота кишечника, антибиотикорезистентность: есть ли взаимосвязь?», подана в печать (Гены & клетки Том IX, № 3, 2014).
7. Разработаны критерии включения/невключения пациентов в исследование, «маршрут» пациента.