Регистрация / Вход
Прислать материал

Разработка набора реагентов для определения риска развития частых осложнений при хронической обструктивной болезни легких (ХОБЛ).

Докладчик: Петров Вячеслав Алексеевич

Должность: Младший научный сотрудник ЦНИЛ СибГМУ

Цель проекта:
1. Проект направлен на разработку набора реагентов для оценки рисков частых осложнений хронической обструктивной болезни легких 2. Целью реализуемого проекта является разработка набора реагентов для оценки рисков частых осложнений при хронической обструктивной болезни легких (ХОБЛ) на основе генетической информации о пациенте и состава микробиоты (сообщества микроорганизмов) его легких и кала.

Основные планируемые результаты проекта:
К основным результатам проекта относится:
1 Методики подготовки и хранения образцов кала, орофарингеальных мазков и мокроты человека.
2 База данных однонуклеотидных полиморфизмов, содержащая информацию о взаимосвязи однонуклеотидных полиморфизмов генома человека с предрасположенностью к заболеваниям легких.
3 Коллекция образцов микробиоты (образцов кала, орофарингеальных мазков и мокроты).
4 Методика выделения ДНК из образцов мокроты, кала и орофарингеальных мазков человека.
5 Коллекция образцов буккального соскоба для генетического профилирования
6 Методика оценки качества образцов кала, орофарингеальных мазков, мокроты и буккального соскоба.
7 База данных, содержащая информацию о взаимосвязи микробиотных маркеров с иммунологическими параметрами человека и тяжестью ХОБЛ.
8 Экспериментальный образец набора реагентов для оценки рисков частых осложнений при ХОБЛ на основе генетической информации о пациенте и состава его микробиоты его легких и кала.
9 Программное обеспечение, реализующее алгоритм системной оценки рисков по данным результатов использования набора реагентов для определения маркеров осложнений ХОБЛ.
Экспериментальный образец набора реагентов предназначен для оценки риска развития осложнений и обострений при ХОБЛ и будет обладать следующими характеристиками - одновременное детектирование 30 бактериальных маркеров, не менее, чувствительность: 1000 геном эквивалентов на 1 мл образца, не менее, специфичность: 90%, не менее. Данные, полученные при исследовании с использованием набора реагентов будут обработаны при помощи алгоритма системной оценки рисков, реализованного в виде программного обеспечения, и представлены в виде, удобном для интерпретации специалистом-врачом в целях диагностики, в том числе содержать рекомендации врачам в зависимости от типов выявленных рисков. С целью обоснования оптимального варианта выполнения поставленной задачи и выявления патентоспособности темы проведен патентный поиск. Для оценки рынка диагностического оборудования и тест систем проведено маркетинговое исследование рынка, включающее в себя оценку макроэкономической ситуации, характеристику зарубежного рынка, описание потенциальных потребителей и выявление их предпочтений методом анкетирования. Для выполнения этапа анализа современных научных данных по существующей проблеме, проведен обзор и анализ современной научно-технической, нормативной, методической литературы, затрагивающей научно-техническую проблему. В соответствии с поставленной целью в ходе проведения настоящей НИР планируется проведение рандомизированного одномоментного сравнительного клинического исследования. Для разработки критериев включения и исключения пациентов из исследования для протокола клинического исследования будут использованы рекомендации согласительных международных документов – доклад рабочей группы GOLD пересмотра 2011 года. Для фиксации физикальных и анамнестических данных пациентов во время врачебного визита разработана индивидуальная регистрационная карта (ИРК) пациента. Приложением к ИРК является медицинская анкета-вопросник специального назначения. Для стандартизации биологического материала (кала, орофарингеальных мазков и мокроты) будут разработаны методики подготовки и хранения.Из собранного биологического материала будет сформирована коллекция биологических образцов. Весь биологический материал составляющий коллекцию должен будет пройти контроль качества. С целью оценки качества собранного материала будут разработаны методики оценки качества образцов кала, орофарингеальных мазков, мокроты и буккального соскоба. Для выделения ДНК из биологического материала планируется разработать методики, основанные на подборе условий для максимально полного выделения нуклеотидной последовательности маркерных генов. С целью подбора генетических маркеров однонуклеотидных полиморфизмов генома человека, связанных с предрасположенностью к заболеваниям легких будет осуществлен поиск по научной литературе по данной тематике и электронным базам данных полиморфизмов, расположенных в сети интернет. Для создания базы данных, содержащей информацию о взаимосвязи микробиотных маркеров с иммунологическими параметрами человека и тяжестью ХОБЛ, будет проведено определение нуклеотидной последовательности маркерных генов бактериальной ДНК, исследование клеточного и гуморального звеньев иммунного ответа ХОБЛ. Результаты будут проанализированны статистическими методами и на основе них будет создана базы данных. Для разработки программного обеспечения, проводящего системную оценку рисков по данным результатов использования набора реактивов для определения маркеров осложнений ХОБЛ, планируется разработать алгоритм системной оценки рисков, включающий в себя следующие шаги – предобработку и оценку качества данных; статистический анализ, в т.ч. сравнение данных с базой состава микробиоты при заболеваниях легких, влияния состава микробиоты на оценку степени риска осложнений ХОБЛ.

Назначение и область применения, эффекты от внедрения результатов проекта:
Областью применения результатов проекта является система здравоохранения, а именно: научно-клинические учреждения здравоохранения, специализированные лечебно-профилактические учреждения, учреждения высшего профессионального образования и науки.
В результате реализации проекта будет разработан набор реагентов для определения риска развития частых осложнений при хронической обструктивной болезни легких. Информация до потенциальных потребителей продукции будет доводиться путем представления на научных конференциях с докладами о результатах исследований, публикации научных статей в ведущих российских и зарубежных изданиях, размещения информации о результатах проведенных исследований в средствах массовой информации и сети Интернет. Будут организованы мероприятия по обучению медицинских специалистов работе с новыми наборами реагентов и подготовке специальных программ.
Коммерциализация полученного результата ПНИ будет достигаться за счет организации производства (на площадке индустриального партнера ООО "ГенДжин") и реализации продукта – набор реагентов для определения риска развития частых осложнений при хронической обструктивной болезни легких. Оценка комплексного статуса пациента, включающего в себя поиск полиморфизмов, ассоциированных с развитием ХОБЛ и его осложнений, оценка иммунного статуса по бактериальным маркерам кишечной микробиоты и поиск микробиотных маркеров в слизистой дыхательных путей даст дополнительную, клинически значимую информацию для лечащего врача. Данный подход позволит оптимизировать тактику лечения пациентов с ХОБЛ, сократив время диагностических процедур и затраты на фармакотерапию.

Текущие результаты проекта:
На настоящий момент в ходе реализации проекта В проведен аналитический обзор научных информационных источников по изучаемой проблеме, с использованием данных современнной научной литературы – статьи в ведущих зарубежных и российских научных журналах, монографии и патенты. Проанализировано более 50 научно-информационных источников за период 2009 – 2013 гг.
С целью выполнения требований по обеспечению безопасности для жизни и здоровья людей разработан и утвержден локальным этическим комитетом протокол рандомизированного одномоментного сравнительного клинического исследования. В рамках протокола разработаны критерии включения и исключения пациентов из исследования основанные на рекомендации согласительных международных документов – доклад рабочей группы GOLD пересмотра 2011 года. С целью обоснования оптимального варианта выполнения поставленной задачи и выявления патентоспособности темы проведен патентный поиск в патентных базах данных Федеральной службы по интеллектуальной собственности, патентам и товарным знакам Российской Федерации, Бюро по патентам и товарным знакам США и Европейского патентного бюро , в результате которого было установлено, что тема является патентоспособной. Для оценки рынка диагностического оборудования и тест систем было проведено маркетинговое исследование рынка, включающее в себя оценку макроэкономической ситуации, характеристику зарубежного рынка, описание потенциальных потребителей и выявление их предпочтений методом анкетирования. Как часть протокола клинических исследований разработана индивидуальная регистрационная карта (ИРК) пациента. Приложением к ИРК является медицинская анкета-вопросник специального назначения. Сформирована электронная база однонуклеотидных полиморфизмов генома человека, связанных с предрасположенностью к заболеваниям легких. Разработаны протокол проведения лабораторного исследования, подобраны процедуры сбора биологического материала. Разработаны методики подготовки и хранения биологического материала (кала, орофарингеальных мазков и мокроты) для последующего определения нуклеотидных последовательностей геномов бактерий, содержащихся в образцах, с использованием высокопроизводительных секвенаторов нового поколения.