Регистрация / Вход
Прислать материал

Разработка молекулярно-генетических тест-систем для оценки патогенности и резистентности возбудителей нозокомиальных и оппортунистических инфекций у матери и новорожденного.

Номер контракта: 14.607.21.0019

Руководитель: Припутневич Татьяна Валерьевна

Должность: заведующий отделом микробиологии и клинической фармакологии

Организация: федеральное государственное бюджетное учреждение "Национальный медицинский исследовательский центр акушерства, гинекологии и перинатологии имени академика В.И.Кулакова" Министерства здравоохранения Российской Федерации
Организация докладчика: федеральное государственное бюджетное учреждение "Научный центр акушерства, гинекологии и перинатологии имени академика В.И.Кулакова" Министерства здравоохранения Российской Федерации

Аннотация скачать
Постер скачать
Презентация скачать
Ключевые слова:
акушерство, гинекология, неонатология, нозокомиальные инфекции, оппортунистические инфекции, фактор персистентности, фактор патогенности, антибиотикорезистентность, полногеномный анализ, протеомный анализ, биоинформатический анализ, биомаркеры, пцр в реальном времени, тест-система

Цель проекта:
Определить молекулярно-генетические маркеры основных биологических свойств (патогенность, антибиотикорезистентность) условно-патогенных микрорганизмов, пригодных для разработки диагностических тест-систем, применение которых повысит информативность и сократит сроки диагностики основных инфекционных заболеваний, угрожающих жизни новорожденных (в том числе относящихся к группам повышенного риска, например, маловесных) или являющихся причиной репродуктивных неудач или репродуктивных потерь.

Основные планируемые результаты проекта:
В ходе выполнения ПНИ должны быть получены следующие научно-технические
результаты:
1 Собрана коллекция образцов биологических материалов, включающая:
1.1 коллекцию образцов биологических материалов пациентов;
1.2 коллекцию штаммов микроорганизмов.
2. Разработаны макеты молекулярно-диагностических тест-систем:
2.1. для оценки спектра устойчивости условно-патогенных микрорганизмов к
противомикробным препаратам;
2.2. для оценки патогенного потенциала условно-патогенных микрорганизмов.
2.3 Техническая документация на макеты тест-систем.
3. Проект медицинской технологии «Инфекционный мониторинг и диагностика
оппортунистических (в том числе нозокомиальных) инфекций у пациентов неонатального
и акушерско-гинекологического профиля».
4. Проект Технического задания на ОКР по теме: «Разработка и организация
производства комплекса диагностических тест-систем для решения микробиологических
задач акушерства и неонатологии».

Краткая характеристика создаваемой/созданной научной (научно-технической, инновационной) продукции:
Ожидаемые результаты:
Будут определены биомаркеры для оценки патогенного и персистентного потенциала возбудителей оппортунистических инфекций (в том числе нозокомиальных) у пациентов неонатального и акушерско-гинекологического профиля.
Разработаны комплексные молекулярно-генетические диагностические тест-системы для видовой идентификации, определения детерминант резистентности к антимикробным препаратам, а также комплексной оценки персистентного и патогенного потенциала возбудителей оппортунистических (в том числе нозокомиальных) инфекций у пациентов неонатального и акушерско-гинекологического профиля на основании ранее определённых биомаркеров.
Разработаны рекомендации по инфекционному мониторингу и диагностике оппортунистичеких (в том числе нозокомиальных) инфекций у пациентов неонатального и акушерско-гинекологического профиля.
Будет создана коллекция штаммов микроорганизмов «Возбудители оппортунистических (в т.ч. нозокомиальных) инфекций у пациентов неонатального и акушерско-гинекологического профиля».


Назначение и область применения, эффекты от внедрения результатов проекта:
Разработанные в ходе выполнения проекта тест-системы для видовой идентификации, определения детерминант резистентности к антимикробным препаратам, а также комплексной оценки персистентного и патогенного потенциала возбудителей оппортунистических (в том числе нозокомиальных) инфекций у пациентов неонатального и акушерско-гинекологического профиля будут ориентированы на применение в практическом здравоохранении, в том числе в лечебно-профилактических учреждениях гинекологического и акушерского профиля, перинатальных центрах, женских консультациях.
Применение разработанных тест-систем позволит расширить спектр диагностируемых параметров, повысить прогностическую значимость результатов диагностики, сократить сроки и стоимость выполнения анализов.
Результаты диагностики с применением разработанных тест-систем позволят практикующим врачам определять этиологию инфекционного процесса, давать прогноз, подбирать адекватную терапию.

Текущие результаты проекта:
Проведено два этапа формирования КБМ (1-я и 2-я очереди). В течение 2015 года собран биологический материал от 149 новорожденных и 370 женщин, и завершено формирование коллекции условно-патогенных микроорганизмов.
Коллекция УПМ представлена 1007 штаммами, относящихся к 14 видам и являющихся основными возбудителями оппортунистических инфекций у женщин репродуктивного возраста и новорожденных.
Проведено полногеномное секвенирование 64 штаммов УПМ, среди которых Klebsiella pneumoniae - 19, Staphylococcus epidermidis - 12, Staphylococcus aureus - 5, Gardnerella vaginalis - 9, Enterobacter cloacae - 5, Streptococcus agalctiae - 4, Enterococcus faecalis - 5, Enterococcus faecium - 2, Escherichia coli - 3.
Проведен сравнительный биоинформационный анализ геномов с целью выявления совокупности генов, ассоциированных с длительной персистенцией, развитием инфекционно-воспалительных заболеваний и устойчивостью к антимикробным препаратам, а также выявление возможных начальных признаков формирования новых механизмов устойчивости и осуществление прогнозов распространения отдельных механизмов устойчивости.
Коллекция УПМ - возбудителей оппортунистических (в т.ч. нозокомиальных) инфекций, охарактеризованна по биохимическим (фенотипическим) и протеометрическим (белковый профиль) показателям, проведена паспортизация штаммов, входящих в коллекцию.
Таким образом, на данном этапе исследования перспективными для включения в панель «Патогенность» можно считать факторы:
1. Праймер SiG для детекции сиалидазы Gardnerella vaginalis
2. Праймеры к видоспецифическому локусу между генами 16S и 23S рибосомальных РНК (рДНК) для детекции типа Gardnerella vaginalis (I, II, III).
3. Праймер для гена cfb Streptococcus agalactiae, имеющего уникальную для данного вида последовательность нуклеотидов.
4. Праймеры для определения gbs2018 — аллеля, специфичного для сиквенс-типа 17, к которому относятся наиболее патогенные S. agalactiae III серотипа.
5. Учитывая высокий уровень устойчивости S. agalactiae к эритромицину и клиндамицину (препараты выбора для лечения и профилактики пациенток с аллергической реакцией на пенициллины), целесообразно включение праймеров к генам mef и ermB.

В панель «Резистентность» на данном этапе исследования целесообразно включение:
1.Праймер к гену mecA у стафилококков.
2.Праймеры к гену VanA и VanB у энтерококков.
3.Праймеры к генам β-лактамаз типов CTX-M, SHV, KPC, а также ОХА-48 у энтеробактерий.
4. Праймеры к генам карбапенемаз типов NDM и VIM у энтеробактерий.
5. Определяется целесообразность включения в панель праймеров для детекции наиболее распространенных эффлюксных помп (устойчивость к карбапенемам у энтеробактерий).