Регистрация / Вход
Прислать материал

14.607.21.0019

Аннотация скачать
Постер скачать
Общие сведения
Номер
14.607.21.0019
Тематическое направление
Науки о жизни
Исполнитель проекта
федеральное государственное бюджетное учреждение "Научный центр акушерства, гинекологии и перинатологии имени академика В.И.Кулакова" Министерства здравоохранения Российской Федерации
Название доклада
Разработка молекулярно-генетических тест-систем для оценки патогенности и резистентности возбудителей нозокомиальных и оппортунистических инфекций у матери и новорожденного.
Докладчик
Приптуневич Татьяна Валерьевна
Тезисы доклада
Цели и задачи исследования
Цель ПНИ — определить молекулярно-генетические маркеры основных биологических свойств условно-патогенных микроорганизмов, пригодные для разработки диагностических тест-систем, применение которых повысит информативность и сократит сроки диагностики основных инфекционных заболеваний, угрожающих жизни новорождённых или являющихся причиной репродуктивных неудач или репродуктивных потерь.
Задачи проекта являются:
1. Выявление наиболее характерны случаев оппортунистических (в том числе нозокомиальных) инфекций у пациентов неонатального и акушерско-гинекологического профиля.
2. Получение и сбор чистых культур возбудителей с видовой идентификацией и изучением штаммового разнообразия по биохимическим и протеометрическим показателям.
3. Изучение антимикробной резистентности полученных штаммов с использованием микробиологических, протеометрических и молекулярно-генетических методов.
4. Высокопроизводительное и полногеномное секвенирование полученных штаммов микроорганизмов.
5. Сравнительный биоинформационный результатов секвенирования штаммов микроорганизмов с целью выявления совокупности молекулярно-генетических маркеров, ассоциированных с длительной персистенцией, развитием инфекционно-воспалительных заболеваний и устойчивостью к антимикробным препаратам.
6. Создание коллекции штаммов возбудителей для проведения будущих исследований.
7. Разработка комплексной молекулярно-генетической диагностической тест-системы для определения детерминант патогенности и резистентности к антимикробным препаратам, а также комплексной оценки персистентного и патогенного потенциала возбудителей.
Актуальность и новизна исследования
Диагностика инфекций, вызванных оппортунистическими патогенами в акушерстве, гинекологии и перинатологии, сегодня остается нерешенной задачей и требует комплексного подхода. Современное решение проблемы диагностики оппортунистических инфекций возможно при комплексной оценке видовой принадлежности возбудителя и его биологических свойств – устойчивости к антимикробными препаратам и патогенного потенциала.
Генотипическое и фенотипическое разнообразие патогенов и способность переходить в дормантное состояние обеспечивают хронизацию инфекционных процессов. Микроорганизмы располагают широким спектром биологических свойств, способствующих не только длительной персистенции в макроорганизме, но и приводящих к развитию каскада воспалительных реакций. С другой стороны, микрорганизмы обладают высочайшей экологической пластичностью, обеспечиваемой, в том числе, и на генетическом и геномном уровнях. В микробных сообществах развит быстрый обмен генетической информацией, причём этот обмен малочувствителен к межвидовым барьерам в рамках сообщества. В связи с этим необходимо обращать внимание не только на генетические особенности отдельных штаммов, но и на генетический ландшафт сообщества в целом.
Учитывая, что скорость назначения адекватной антимикробной терапии имеет решающее значение для эффективности лечения и, в ряде случаев, определяет выживаемость пациента, крайне актуальна разработка молекулярно-генетических методов диагностики, позволяющая в течение нескольких часов определить как видовой состав микрофлоры, так и ее патогенный потенциал и резистентность к антимикробным препаратам
Описание исследования

В ходе выполнения этапа проекта набрана коллекция биологических материалов. Общую коллекцию  составил биоматериал от 669 женщин репродуктивного возраста (241 беременной и 428 вне беременности) и 261 новорожденного (в том числе 16 с врожденными пороками развития, требующими хирургической коррекции в первые сутки после рождения). 

набрана 3-я очередь коллекции биологических материалов, и тем самым завершено формирование КБМ. На 4 этапе субколлекция репрезентативных штаммов дополнена 45 штаммами Escherichia coli, 26 штаммами Klebsiella pneumoniae, 6 штаммами Enterobacter cloacae и 74 штаммами дрожжевых грибов Candida и Malassezia. Завершена паспортизация 43 штаммов Gardnerella vaginalis, включенных в коллекцию на предыдущем этапе. Таким образом, общее число штаммов в субколлекции КРШ составило 1005 штук, в том числе штаммы энтеробактерий (E. coli) и энтерококков (E. faecalis, E. faecium). штаммы S. aureus, CoNS, S. agalactiae, Klebsiella pneumoniae, Enterobacter cloacae, Gardnerella vaginalis, дрожжевые грибы Candida и Malassezia. ,

Проведен сравнительный биоинформатический анализ протеометрических и полногеномных данных для 75 штаммов. Сформирован перечень наиболее информативных маркеров, подготовлены эскизы диагностических тест-систем.

Проведены исследовательские испытания макетов диагностических тест-систем, подтверждена работоспособность выбранных технических решений. Разработаны программы и методики доводочных испытаний макетов диагностических тест-систем, предназначенных для уточнения диагностических параметров разрабатываемых тест-систем.

Индустриальным партнёром проекта — ООО «НПФ ДНК-Технология» — за счёт собственных (внебюджетных) средств созданы макеты диагностических тест-систем, использованные для проведения исследовательских испытаний, в том числе проведён синтез олигонуклеотидных праймеров и зондов. В ходе создания макетов тест-систем созданы  макеты контрольных образцов. Разработана техническая документация (проекты) на разрабатываемые тест-системы.

Результаты исследования

В ходе выполнения этапа проекта набрана коллекция биологических материалов. Общую коллекцию  составил биоматериал от 669 женщин репродуктивного возраста (241 беременной и 428 вне беременности) и 261 новорожденного (в том числе 16 с врожденными пороками развития, требующими хирургической коррекции в первые сутки после рождения). 

набрана 3-я очередь коллекции биологических материалов, и тем самым завершено формирование КБМ. На 4 этапе субколлекция репрезентативных штаммов дополнена 45 штаммами Escherichia coli, 26 штаммами Klebsiella pneumoniae, 6 штаммами Enterobacter cloacae и 74 штаммами дрожжевых грибов Candida и Malassezia. Завершена паспортизация 43 штаммов Gardnerella vaginalis, включенных в коллекцию на предыдущем этапе. Таким образом, общее число штаммов в субколлекции КРШ составило 1005 штук, в том числе штаммы энтеробактерий (E. coli) и энтерококков (E. faecalis, E. faecium). штаммы S. aureus, CoNS, S. agalactiae, Klebsiella pneumoniae, Enterobacter cloacae, Gardnerella vaginalis, дрожжевые грибы Candida и Malassezia. ,

Проведен сравнительный биоинформатический анализ протеометрических и полногеномных данных для 75 штаммов. Сформирован перечень наиболее информативных маркеров, подготовлены эскизы диагностических тест-систем.

Проведены исследовательские испытания макетов диагностических тест-систем, подтверждена работоспособность выбранных технических решений. Разработаны программы и методики доводочных испытаний макетов диагностических тест-систем, предназначенных для уточнения диагностических параметров разрабатываемых тест-систем.

Индустриальным партнёром проекта — ООО «НПФ ДНК-Технология» — за счёт собственных (внебюджетных) средств созданы макеты диагностических тест-систем, использованные для проведения исследовательских испытаний, в том числе проведён синтез олигонуклеотидных праймеров и зондов. В ходе создания макетов тест-систем созданы  макеты контрольных образцов. Разработана техническая документация (проекты) на разрабатываемые тест-системы.

Практическая значимость исследования
Выявленные в ходе выполнения проекта биомаркеры будут использованы для разработки комплексных молекулярно-генетических диагностических тест-систем для видовой идентификации, определения детерминант резистентности к антимикробным препаратам, а также комплексной оценки персистентного и патогенного потенциала возбудителей оппортунистических (в том числе нозокомиальных) инфекций у пациентов неонатального и акушерско-гинекологического профиля будут ориентированы на применение в практическом здравоохранении, в том числе в лечебно-профилактических учреждениях гинекологического и акушерского профиля, перинатальных центрах, женских консультациях. Применение разработанных тест-систем позволит расширить спектр диагностируемых параметров, повысить прогностическую значимость результатов диагностики, сократить сроки и стоимость выполнения анализов. Результаты диагностики с применением разработанных тест-систем позволят практикующим врачам определять этиологию инфекционного процесса, давать прогноз, подбирать адекватную терапию.