Регистрация / Вход
Прислать материал

Биоинформационная обработка данных NGS с целью выявления эпитопов

Заказы
Опубликовано 05 июня 2018
Р 3 млн
Конкурс завершен

ФГБУ «Национальный медицинский исследовательский центр онкологии имени Н.Н. Блохина» Минздрава России объявляет электронный аукцион на оказание услуг (выполнение работ) в рамках экспериментальной научной разработки «Разработка технологий дизайна, получения и применения персонализированных противоопухолевых терапевтических вакцин» по теме «Биоинформационная обработка данных NGS с целью выявления неоантигенных эпитопов в опухолевом геноме в сравнении с нормальной тканью».

Начальная (максимальная) цена контракта — ₽3 млн, она включает в себя стоимость работ, в том числе затраты, издержки и расходы исполнителя, связанные с исполнением контракта, и причитающееся ему вознаграждение, а также все налоги, сборы и другие обязательные платежи, подлежащие выплате в соответствии с законодательством Российской Федерации.

Обеспечение заявки и исполнения контракта может предоставляться путем внесения денежных средств или банковской гарантией, по выбору участника. Размер обеспечения заявки составляет ₽30 тыс., обеспечение исполнения контракта — ₽600 тыс.

На основе данных секвенирования экзомов и транскриптомов нормальной и опухолевой ткани линейных мышей, предоставленных заказчиком, необходимо провести разработку следующих биоинформационных операций:

  • Разработать критерии оценки качества получаемых сиквенсных данных. Определить пороговые значения параметров, позволяющих применять массивы данных в дальнейшей работе (уровень дуплицированных чтений, длина чтений, число чтений в контрольных локусах, покрытие целевых локусов и др.).
  • Разработать алгоритм и протокол для полуавтоматической верификации инсерций и делеций по сравнению с референсом в экзомах из образцов ткани.
  • Разработать скрипт для выявления соматических мутаций (снипов, инсерций и делеций) в экзомах из образцов опухолевых тканей мышей; сравнение различных программ для определения соматических мутаций.
  • Разработать скрипт для аннотации найденных соматических мутаций.
  • Разработать скрипт для обработки экспрессионных данных и получения уровня экспрессии каждого гена; сравнение различных программ и способов нормализации для определения уровней экспрессии.

Для кого

Участниками конкурса могут быть юридические и физические лица, не находящиеся в состоянии проведения ликвидации, банкротства, приостановления деятельности, не имеющие недоимок по налогам и сборам, задолженностей по иным обязательным бюджетным платежам за прошедший календарный год, соответствующие остальным требованиям, список которых прикреплен в файле. Офшорные компании не могут подать заявки на участие в конкурсе.

Опыт выполнения аналогичных работ подтверждается соответствующими документами. У претендента должна быть лицензия на осуществление медицинской деятельности.

Соискатели не должны находиться в состоянии проведения ликвидации, банкротства, приостановления деятельности, не должны иметь недоимки по налогам и сборам, задолженности по иным обязательным бюджетным платежам за прошедший календарный год, а также не должны состоять в реестре недобросовестных поставщиков (подрядчиков, исполнителей).

Что нужно сделать

Для участия нужно направить электронную заявку через электронную торговую площадку ЗАО «Сбербанк-АСТ».

Заявка на участие в электронном аукционе содержит следующие документы:

  • выписку либо заверенную копию выписки из Единого государственного реестра юридических лиц (Единого государственного реестра индивидуальных предпринимателей для индивидуальных предпринимателей), содержащую сведения об участнике закупочных процедур и выданную налоговым органом не ранее чем за один месяц до предоставления  документов;
  • копию Свидетельства о постановке на учет в налоговом органе;
  • копию Свидетельства о присвоении участнику закупочных процедур Основного государственного регистрационного номера (ОГРН);
  • копию свидетельства о регистрации участника в качестве юридического лица (индивидуального предпринимателя), подтверждающего регистрацию участника на территории Российской Федерации (для юридических лиц, зарегистрированных до 1 июля 2002 года – дополнительно свидетельство о внесении записи в Единый государственный реестр юридических лиц);

Полный перечень документов приводится в конкурсной документации.

Сроки

Документы принимаются до 20 июня 2018 года.

Работы должны быть выполнены до 30 октября 2018 года.

Контакты

По вопросам участия в конкурсе можно обращаться по тел.: 7-499-3241789 или email: f0d63106080c43marchenkov@ronc.ru, Марченков Сергей Вячеславович.

Материал подготовлен на основе сообщения на странице закупки.

Система Orphus Если Вы заметили ошибку, выделите её и нажмите Ctrl + Enter.