Регистрация / Вход
Прислать материал

НИР по разработке метода получения последовательностей пептидов

Заказы
Опубликовано 08 ноября 2018
Р 3,1 млн
5 дней

Национальный медицинский исследовательский центр онкологии имени Н.Н. Блохина Минздрава России Минздрава России объявляет электронный аукцион на выполнение НИР по теме «Разработка метода получения последовательностей пептидов с высоким сродством к MHCI и способностью индуцировать иммунный ответ на основе машинного обучения и молекулярного моделирования».

Начальная (максимальная) цена контракта составляет ₽3,1 млн, включает в себя стоимость работ, в том числе затраты, издержки и расходы исполнителя, связанные с исполнением контракта, и причитающееся ему вознаграждение, а также все налоги, сборы и другие обязательные платежи, подлежащие выплате в соответствии с законодательством Российской Федерации.

Обеспечение заявки и исполнения контракта может предоставляться путем внесения денежных средств или банковской гарантией, по выбору участника. Размер обеспечения заявки составляет ₽31 тыс., обеспечение исполнения контракта — ₽620 тыс.

При выполнении НИР должен быть разработан программный комплекс, построенный на основе подхода машинного обучения и использования нейронных сетей, а также метода молекулярного моделирования, способный ранжировать и отбирать из предложенного пула пептидных последовательностей пептиды способные связываться с рецепторной структурой MHC мышей или человека, а также с высокой вероятностью потенциально индуцировать иммунный ответ.

Для создания блока машинного обучения с использованием нейронных сетей должны быть выполнены следующие задачи:

  • Построение выборки экспериментальных данных:
    • получение экспериментальных данных из базы данных IEDB (не менее 200 000 экспериментальных пар связывания);
    • разделение накопленной информации по видам, MHC-аллотипам и лигандам с сохранением важных метаданных;
    • оценка покрытия и разнообразия наблюдений, сгруппированных по аллотипам и организмам;
    • поиск ближайшей родственной последовательности с известной кристаллической структурой молекул MHC и pMHC комплексов из базы данных PDB и для каждого аллотипа из базы IEDB;
    • разбивка полученной выборки на две части: 90% обучающих наблюдений и 10% тестовых. Эти выборки не будут пересекаться по последовательностям аллотипов, чтобы минимизировать эффект переобучения на стадиях оптимизации гипер-параметров и тестирования производительности.
  • Исследование трех стратегий представления молекул MHCI:
    • консервативная стратегия, задействованная в подходе NetMHCpan и его более современных аналогах;
    • кодирование лиганд-связывающего сайта молекул MHCI в виде уплощенных двумерных сеток с отдельными каналами для топологии распределения атомов разных элементов.

Полный перечень приводится в закупочной документации.

Для кого

Участниками конкурса могут быть юридические и физические лица, не находящиеся в состоянии проведения ликвидации, банкротства, приостановления деятельности, не имеющие недоимок по налогам и сборам, задолженностей по иным обязательным бюджетным платежам за прошедший календарный год, соответствующие остальным требованиям, список которых прикреплен в файле. Офшорные компании не могут подать заявки на участие в конкурсе.

Опыт выполнения аналогичных работ подтверждается соответствующими документами.

Соискатели не должны находиться в состоянии проведения ликвидации, банкротства, приостановления деятельности, не должны иметь недоимки по налогам и сборам, задолженности по иным обязательным бюджетным платежам за прошедший календарный год, а также не должны состоять в реестре недобросовестных поставщиков (подрядчиков, исполнителей).

Что нужно сделать

Для участия нужно направить электронную заявку через электронную площадку ЗАО «Сбербанк-АСТ».

Заявка на участие в электронном аукционе содержит следующие документы:

  • выписку либо заверенную копию выписки из Единого государственного реестра юридических лиц (Единого государственного реестра индивидуальных предпринимателей для индивидуальных предпринимателей), содержащую сведения об участнике закупочных процедур и выданную налоговым органом не ранее чем за один месяц до предоставления  документов;
  • копию Свидетельства о постановке на учет в налоговом органе;
  • копию Свидетельства о присвоении участнику закупочных процедур Основного государственного регистрационного номера (ОГРН);
  • копию свидетельства о регистрации участника в качестве юридического лица (индивидуального предпринимателя), подтверждающего регистрацию участника на территории Российской Федерации (для юридических лиц, зарегистрированных до 1 июля 2002 года — дополнительно свидетельство о внесении записи в Единый государственный реестр юридических лиц);

Полный перечень документов приводится в конкурсной документации.

Сроки

Документы принимаются до 23 ноября 2018 года.

Работы должны быть выполнены до 20 декабря 2018 года.

Контакты

По вопросам участия в конкурсе можно обращаться по тел.: 7-499-3241789 или email: cbdb6e7acd934marchenkov@ronc.ru, Марченков Сергей Вячеславович.

Материал подготовлен на основе сообщения на странице закупки.

Система Orphus Если Вы заметили ошибку, выделите её и нажмите Ctrl + Enter.