Регистрация / Вход
Прислать материал

Поиск и исследование методами масс-спектрометрии и биоинформатики новых ферментов для инженерной энзимологии.

Стадии проекта
Предложение принято
Конкурс завершен
Выполнение этапа проекта
Проект
02.434.11.3002
Организация
ИБХФ РАН
Продолжительность работ
2005 - 2006, 18 мес.
Бюджетные средства
6 млн
Внебюджетные средства
0 млн

Поиск, идентификация, исследование структуры технологически значимых ферментов.

Соисполнители

Организация
МБЦ МГУ

Этапы проекта

1
01.04.2005 - 30.06.2005
Будет проведено масс-спектрометрическое исследование и получены данные о структурах протеиназ и оксидоредуктаз (10 - 20 белков).
Развернуть
2
01.07.2005 - 09.12.2005
Проведено тестирование методов фрагментации - столкновительной диссоциации и диссоцииации путем захвата медленных электронов на масс-спектрометре ионного циклотронного резонанса с использованием четырех известных ферментов; проведено исследование 2 новых протеиназ и одной дегидрогеназы, липаз и родственных ферментов (3 белка) на масс-спектрометре ионного циклотронного резонанса с использованием протестированных методов фрагментации; наработаны и получены металлопротеиназы B.megaterium и сериновой протеиназы B.thuringiensis с содержанием белка 0.3 мг в каждом образце (соисполнитель - ФГУП ГосНИИгепетика); получены 2 образца препарата простагландинсинтетазы с содержанием 0.1 мг белка в каждом образце (соисполнитель - Международный биотехнологический центр МГУ), Проведено тестирование метода поиска и алгоритмов идентификации функциональных групп каталитических центров ряда ферментов на наборе белков, содержащем более 5000 структур.
Проведено исследование 5 белков различных классов: бутирилхолтнэстеразы, моноаминооксидазы Б, формиатдегидрогеназы, нейтральной металлопротеи-назы и сериновой протеиназы методами масс-спектрометрии; освоены методики одномерного и двумерного электрофореза для определения состава и чистоты белковой пробы, освоена методика трипсинолиза для пробоподготовки образцов; получен набор последовательностей белков по базе PFLAM, проведено сравнение трех наборов белков по базам HSSH и PFLAM, проведено исследование девяти ферментов методом построения «энтропийного портрета» с целью определения аминокислот, входящих в каталитический центр фермента.
Развернуть
3
01.01.2006 - 30.06.2006
За период январь-июль 2006 г. выполнены следующие работы:
разработана процедура множественного выравнивания белков различных классов, рассчитаны энтропии Шеннона, проведена идентификация каталитически значимых групп; проведены исследования трехмерных структур по гомологии; выполнены идентификация каталитических групп с использованием компьютерного шаблона активного центра и идентификация участков связывания лигандов активного центра; получены препараты субтилизиноподобной и трипсиноподобной протеиназ из Asp.sp. в количестве 0.3 мг белка каждый (ГосНИИгенетика).
Развернуть
4
01.07.2006 - 31.10.2006
За период июль - октябрь 2006 г. выполнены следующие работы:
систематизированы данные по структурам активных центров оксидоредуктаз,
систематизированы данные по структурам активных центров гидролаз,
систематизированы данные по структурам активных центров липаз, создана общедоступная электронная база данных по структурам практически значимых ферментов (http://www.enzyme.chem.msu.ru/hcs/+/) и по структурам сериновых протеаз; проведено исследование индивидуальных белков и препаратов белков различных классов: трипсиноподобной протеиназы, субтилизиноподобной протеиназы, препаратов липаз, карбогидролаз - комбинацией методов масс-спектрометрии с предварительной пробоподготовкой образцов с применением одномерного и двумерного электрофореза и трипсинолиза; выполнено секвенирование 5 белков, проведен патентный поиск по результатам НИР.
Полученные в процессе выполнения НИР результаты могут быть использованы для усовершенствования методик идентификации ферментов и определения их первичной структуры методом масс-спектрометрии ИЦР с преобразованием Фурье, для расширения базы данных по промышленно значимым ферментам, для разработки методик определения важных физико-химических параметров белков методами биоинформатики. Разработанная методика поиска каталитических остатков активного сайта ферментов с использованием энтропии Шеннона и геометрических шаблонов может применяться для отнесения незвестных ранее белков к определенному классу и семейству ферментов с соблюдением отмеченных нами ограничений.
Развернуть

Программа

Программа "Исследования и разработки по приоритетным направлениям развития науки и техники" на 2002-2006 годы

Программное мероприятие

1.2 Проблемно-ориентированные поисковые исследования фундаментального характера
Продолжительность работ
2008 - 2009, 17 мес.
Бюджетные средства
19,8 млн
профинансировано
Продолжительность работ
2005 - 2006, 18 мес.
Бюджетные средства
10 млн
Организация
НИИ ФХБ МГУ
профинансировано
Продолжительность работ
2013, 2 мес.
Бюджетные средства
4,95 млн
Организация
НОУ МЦНМО
профинансировано
Продолжительность работ
2008 - 2009, 16 мес.
Бюджетные средства
7,8 млн
профинансировано
Тема
Поиск и исследование методами масс-спектрометрии и биоинформатики новых ферментов для инженерной энзимологии
Продолжительность работ
2005 - 2006, 23 мес.
Бюджетные средства
6 млн
Количество заявок
2
Тема
Идентификация новых промышленно значимых ферментов на основе расшифровки геномов термо-фильных архей
Продолжительность работ
2008 - 2009, 17 мес.
Бюджетные средства
20 млн
Количество заявок
2
Тема
Ферменты в реакциях тонкого органического синтеза
Продолжительность работ
2005 - 2006, 23 мес.
Бюджетные средства
10 млн
Количество заявок
3
Тема
Реализация мер по поиску и идентификации КИМ в сети Интернет.
Продолжительность работ
2013, 4 мес.
Бюджетные средства
4,95 млн
Количество заявок
1
Тема
Идентификация новых ферментов и путей образования этанола из целлюлозы термофильными прокариотами.
Продолжительность работ
2008 - 2009, 17 мес.
Бюджетные средства
7,8 млн
Количество заявок
2