Прислать материал
Разработка типового программно-аппаратного комплекса (вычислительного кластера) для работы с пространственными структурами белков.
Стадии проекта
Предложение принято
Конкурс завершен
Выполнение этапа проекта
Проект
02.435.11.1011
Организация
ТвГУ
Продолжительность работ
2005 - 2006, 13 мес.
Бюджетные средства
8 млн
Внебюджетные средства
1,63 млн
Конкурс
Разработка типового программно-аппаратного комплекса (вычислительного кластера) для работы с пространственными структурами белков.
Разработка программно-аппаратного комплекса, позволяющего проводить молекулярное моделирование белков и поиск (скрининг) оптимальных лигандов в базах данных химических структур.
Соисполнители
Организация
Биологический факультет МГУ имени М.В.Ломоносова
Организация
ОАО "НПО "Природа"
Организация
ФИЦ ХФ РАН
Этапы проекта
1
10.11.2005 - 08.12.2005
Разработана архитектура аппаратной части комплекса, проведена предварительная разработка структуры входных и выходных данных, уточнены методы решения задачи, разработано общее описание алгоритма решения задачи, разработано технико-экономические обоснование, составлена пояснительная записка, проведено согласование и утверждение эскизного проекта.
2
01.01.2006 - 30.06.2006
Разработаны методики моделирования структур по гомологии. Разработаны алгоритмы: управляемой молекулярной динамики для моделирования белков и их взаимодействия с лигандами; скринингу лигандов; веб-интерфейса пользователя; сопряжения программных компонентов ПАК с базами данных; экспорта задач на системы более высокого уровня.
Определен окончательный состав ПАК. Определена номенклатура разрабатываемой конструкторской, технологической, эксплуатационной, ремонтной и программной документации. Разработаны требования к контролю, хранению и обновлению данных. Определен окончательный состав программного обеспечения. Проведены патентные исследования по ГОСТ 15.011-96. Проведена закупка технических средств для комплектования опытного образца ПАК. Разработана пояснительная записка. Проведено согласование и утверждение технического проекта.
Определен окончательный состав ПАК. Определена номенклатура разрабатываемой конструкторской, технологической, эксплуатационной, ремонтной и программной документации. Разработаны требования к контролю, хранению и обновлению данных. Определен окончательный состав программного обеспечения. Проведены патентные исследования по ГОСТ 15.011-96. Проведена закупка технических средств для комплектования опытного образца ПАК. Разработана пояснительная записка. Проведено согласование и утверждение технического проекта.
3
01.07.2006 - 08.12.2006
Аннотация работ, проведенных на 3 этапе проекта
«Типовой программно-аппаратный комплекс (вычислительный кластер) для работы с пространственными структурами белков шифр 2005-ИТ-13.5/003/008».
Государственный контракт № 02.435.11.1011 от 10 ноября 2005 года в рамках ФЦНТП «Исследования и разработки по приоритетным направлениям развития науки и техники на 2002-2006 годы»
Проводилась разработка рабочего проекта. Проводились предварительные и приемочные испытания.
Проведено комплектование, монтаж и наладка опытного образца ПАК. Проведено программирование и отладка вновь разрабатываемого прикладного ПО. Выполнена разработка методики моделирования структур по гомологии. Проведена разработка эксплуатационной документации:
1. Спецификация ПАК, содержащая перечень устройств, системного и прикладного программного обеспечения и перечень прилагаемой документации.
2. Габаритный чертеж.
3. Монтажный чертеж.
4. Электромонтажный чертеж.
5. Ведомость покупных изделий.
6. Руководство по эксплуатации ПАК, Формуляр.
7. Руководство системного программиста.
8. Руководство оператора.
9.Описание программ.
10. Программа и методика испытаний.
Проведены дополнительные патентные исследования, корректировка технической документации по результатам ПИ, отладка ПАК в целом. Проведены разработка, согласование и утверждение программы и методики предварительных испытаний ПАК, предварительные испытания, корректировка технической документации по результатам предварительных испытаний. Разработана программа и методика приемочных испытаний. Проведены приемочные испытания. Разработано методическое пособие. Проведена корректировка программного комплекса, программной документации и методического пособия по результатам приемочных испытаний. Подготовлены и согласованы предложения по коммерческой реализации ПАК. Оформлены два авторских свидетельства на программы. Проведена оценка созданной интеллектуальной собственности.
Ректор ТвГУ ________________ /А.Н.Кудинов/
Руководитель работ
(Д.х.н., профессор) _________________ /Г.П.Лапина/
«Типовой программно-аппаратный комплекс (вычислительный кластер) для работы с пространственными структурами белков шифр 2005-ИТ-13.5/003/008».
Государственный контракт № 02.435.11.1011 от 10 ноября 2005 года в рамках ФЦНТП «Исследования и разработки по приоритетным направлениям развития науки и техники на 2002-2006 годы»
Проводилась разработка рабочего проекта. Проводились предварительные и приемочные испытания.
Проведено комплектование, монтаж и наладка опытного образца ПАК. Проведено программирование и отладка вновь разрабатываемого прикладного ПО. Выполнена разработка методики моделирования структур по гомологии. Проведена разработка эксплуатационной документации:
1. Спецификация ПАК, содержащая перечень устройств, системного и прикладного программного обеспечения и перечень прилагаемой документации.
2. Габаритный чертеж.
3. Монтажный чертеж.
4. Электромонтажный чертеж.
5. Ведомость покупных изделий.
6. Руководство по эксплуатации ПАК, Формуляр.
7. Руководство системного программиста.
8. Руководство оператора.
9.Описание программ.
10. Программа и методика испытаний.
Проведены дополнительные патентные исследования, корректировка технической документации по результатам ПИ, отладка ПАК в целом. Проведены разработка, согласование и утверждение программы и методики предварительных испытаний ПАК, предварительные испытания, корректировка технической документации по результатам предварительных испытаний. Разработана программа и методика приемочных испытаний. Проведены приемочные испытания. Разработано методическое пособие. Проведена корректировка программного комплекса, программной документации и методического пособия по результатам приемочных испытаний. Подготовлены и согласованы предложения по коммерческой реализации ПАК. Оформлены два авторских свидетельства на программы. Проведена оценка созданной интеллектуальной собственности.
Ректор ТвГУ ________________ /А.Н.Кудинов/
Руководитель работ
(Д.х.н., профессор) _________________ /Г.П.Лапина/
Программа
Программа "Исследования и разработки по приоритетным направлениям развития науки и техники" на 2002-2006 годы
Программное мероприятие
1.3 Прикладные разработки в рамках системы приоритетных направлений
Проведение поисковых научно-исследовательских работ в области тех-нических наук: 1. Обоснование подходов, методов и технологий спряжения высокопроизводительного программного комплекса для моделирования наноразмерных атомно-молекулярных структур HPC-NASIS с вычислительной инфраструктурой системы СКИФ-Грид; 2. Обоснование подходов, методов и технологий спряжения высокопроизводительного программного комплекса для моделирования наноразмерных атомно-молекулярных структур HPC-NASIS с вычислительной инфраструктурой системы BNB-Грид; 3. Исследование эффективности использования программного комплекса HPC-NASIS и вычислительной инфраструктуры BnB-Грид, и разработка методов управления процессом вычислений; 4. Обоснование возможностей использования технологии CAEBeans для подключения перспективных сервисов в составе высокопроизводительного программного комплекса для моделирования наноразмерных атомно-молекулярных структур HPC-NASIS; 5. Обоснование подходов, методов и технологий обработки данных высокопроизводительного программного комплекса HPC-NASIS для классификации процессов и явлений в наноразмерных атомно-молекулярных структурах; 6. Обоснование подходов, методов и технологий автоматизированного тестирования и оценки надежности перспективных программных сервисов, инкорпорируемых в состав высокопроизводительного программного комплекса для моделирования наноразмерных атомно-молекулярных структур HPC-NASIS; 7. Проведение высокоточных расчетов электронной структуры нанотрубок с учетом эффектов электронных корреляций с использованием высокопроизводительного программного комплекса для моделирования наноразмерных атомно-молекулярных структур HPC-NASIS; 8. Обоснование подходов и методов интеграции внешних проблемно-ориентированных вычислительных модулей в высокопроизводительный программный комплекс для моделирования наноразмерных атомно-молекулярных структур HPC-NASIS; 9. Проведение первопринципных расчетов термодинамических и структурных свойств сильновзаимодействующих квантовых кулоновских систем с использованием высокопроизводительного программного комплекса для моделирования наноразмерных атомно-молекулярных структур HPC-NASIS; 10. Проведение первопринципных расчетов энергетического спектра атомов, молекул и атомно-молекулярных кластеров с использованием высокопроизводительного программного комплекса для моделирования наноразмерных атомно-молекулярных структур HPC-NASIS
профинансировано
«Разработка высокопроизводительного вычислительного программного комплекса для моделирования взаимодействия белковых структур»
профинансировано
Создание программно-вычислительного комплекса для компьютерного моделирования взаимодействия углеродных нанотрубок с водородом
Продолжительность работ
2014 - 2016, 26 мес.
Бюджетные средства
15,96 млн
Организация
НИТУ "МИСиС", МИСиС
профинансировано
Разработка методов и создание макета аппаратно-программного комплекса мониторинга пространственной структуры волнения в широком диапазоне частот по оптическим и радиолокационным космическим изображениям для выявления антропогенных воздействий на морские акватории.
профинансировано
Разработка программно-аппаратного многопроцессорного вычислительного комплекса (МВК) для построения высокопроизводительных вычислительных систем мультипетафлопсного диапазона.
Продолжительность работ
2011 - 2013, 19 мес.
Бюджетные средства
103,5 млн
Организация
АО "Т-Платформы"
профинансировано