Регистрация / Вход
Прислать материал

Поиск и разведка данных как основной инструмент филогеномики и его применение для реконструкции макрофилогении высших многоклеточных.

Стадии проекта
Предложение принято
Конкурс завершен
Выполнение этапа проекта
Проект
02.442.11.7207
Организация
НИИ ФХБ МГУ
Продолжительность работ
2005, 1 мес.
Бюджетные средства
0,36 млн
Внебюджетные средства
0 млн

Информация отсутствует

Этапы проекта

1
27.10.2005 - 25.11.2005
Проведены поиск и идентификация новых генетических маркеров для макро-филогенетических исследований путем анализа открытых баз данных по структуре генома и транскриптома представителей крупных подразделений Bilateria (среди них представители первичноротых животных из групп Ecdysozoa, Lophotrochozoa, Platyzoa, и группы вторичноротых – позвоночные, иглокожие и оболочники). Проведен анализ основного репозитория генетического банка GenBank и нескольких централизованных баз данных, где гомологичные гены из разных организмов объединены в родственные кластеры (кластеры ортологичных групп, КОГи, база данных KOGs) и индивидуальные последовательности EST аннотированы и сортированы по группам гомологичности (т.е. кодируемым генам, база данных dbEST).
Разработаны специальные алгоритмы и создан комплексный метод выявления и удаления информационного шума из МВ, т.е. поиска и удаления отдельных строк и столбцов МВ с низкой гомологией для улучшения качества результирующих филогенетических деревьев. На первом этапе, последовательности с низким общим уровнем позиционной гомологии (аберрантные члены семейства ортологичных генов и/или химерные последовательности) выявляются с применением формальных критериев и удаляются из МВ перед проведением филогенетического анализа. Далее, колонки МВ ранжируются по степени их информативности по отношению к восстановлению филогении и итеративно удаляются категории низко-информативных колонок вплоть до стадии, когда информационный шум будет удален из данных настольно, что результирующее МВ обеспечит надежное разрешение филогенетического дерева. Для отбора удаляемых столбцов нами определяется численная характеристика такой «вариабельности», или «рассогласованности», столбца в МВ, называемая условной энтропией.
Развернуть

Программа

Программа "Исследования и разработки по приоритетным направлениям развития науки и техники" на 2002-2006 годы

Программное мероприятие

1.9 Проведение молодыми учеными научных исследований по приоритетным направлениям науки, высоких технологий и образования
Продолжительность работ
2006, 8 мес.
Бюджетные средства
0,43 млн
Организация
НИИ ФХБ МГУ
профинансировано
Тема
Разработка комплексной технологии поиска и разведки углеводородов в сложнопостроенных, глубокозалегающих месторождениях.
Продолжительность работ
2005 - 2006, 23 мес.
Бюджетные средства
78 млн
Количество заявок
3
Тема
Поддержка научных исследований, проводимых коллективами научно-образовательных центров по научному направлению «Рациональное природопользование» в области: • Поиск, разведка, разработка месторождений и добыча полезных ископаемых
Продолжительность работ
2012 - 2013, 14 мес.
Бюджетные средства
59,5 млн
Количество заявок
7
Тема
Поддержка научных исследований, проводимых коллективами под руководством приглашенных исследователей по научному направлению «Рациональное природопользование» в области: • Поиск, разведка, разработка месторождений и добыча полезных ископаемых
Продолжительность работ
2012 - 2013, 13 мес.
Бюджетные средства
28 млн
Количество заявок
0
Тема
Поддержка научных исследований, проводимых молодыми учеными - кандидатами наук по научному направлению «Рациональное природопользование» в области: • Поиск, разведка, разработка месторождений и добыча полезных ископаемых
Продолжительность работ
2012 - 2013, 13 мес.
Бюджетные средства
10,5 млн
Количество заявок
4
Тема
Поддержка научных исследований, проводимых целевыми аспирантами по научному направлению «Рациональное природопользование» в области: • Поиск, разведка, разработка месторождений и добыча полезных ископаемых
Продолжительность работ
2012 - 2013, 13 мес.
Бюджетные средства
5,6 млн
Количество заявок
7