Прислать материал
Выявление взаимодействующих белков на основе данных сравнительной геномики.
Стадии проекта
Предложение принято
Конкурс завершен
Выполнение этапа проекта
Проект
02.442.11.7233
Организация
ИБМХ
Продолжительность работ
2005, 1 мес.
Бюджетные средства
0,35 млн
Внебюджетные средства
0 млн
Информация отсутствует
Этапы проекта
1
27.10.2005 - 25.11.2005
• Осуществлен поиск литературы, в которой представлены математические модели взаимодействия белков, отобрано более 100 источников;
• Проведен предварительный анализ литературы, который показал перспективность использования теории графов для описания сетевого взаимодействия белков, а также наличие разработанных алгоритмов анализа сетей взаимодействующих белков;
• Осуществлен поиск некоммерческого программного обеспечения, реализующего математические методы и алгоритмы обработки геномов и протеомов;
• Разработана программная система для математического моделирования взаимодействия белков, включающая в себя базу данных, вычислительный блок, блок интерфейса с внешними интернет ресурсами, и блок сервера – интерпретатора текстовых команд;
• Установлена и настроена локальная версия программы BLAST. Успешно осуществляется взаимодействие с ней при помощи языка Perl и пакета расширений BioPerl.
• База данных реализована с помощью СУБД MySQL. В качестве одного из модулей вычислительного блока реализован метод генетических профилей на основе ПО BLAST. Разработан функциональный интерфейс между интерпретатором Matlab и базой данных.
• Проведен предварительный анализ литературы, который показал перспективность использования теории графов для описания сетевого взаимодействия белков, а также наличие разработанных алгоритмов анализа сетей взаимодействующих белков;
• Осуществлен поиск некоммерческого программного обеспечения, реализующего математические методы и алгоритмы обработки геномов и протеомов;
• Разработана программная система для математического моделирования взаимодействия белков, включающая в себя базу данных, вычислительный блок, блок интерфейса с внешними интернет ресурсами, и блок сервера – интерпретатора текстовых команд;
• Установлена и настроена локальная версия программы BLAST. Успешно осуществляется взаимодействие с ней при помощи языка Perl и пакета расширений BioPerl.
• База данных реализована с помощью СУБД MySQL. В качестве одного из модулей вычислительного блока реализован метод генетических профилей на основе ПО BLAST. Разработан функциональный интерфейс между интерпретатором Matlab и базой данных.
Программа
Программа "Исследования и разработки по приоритетным направлениям развития науки и техники" на 2002-2006 годы
Программное мероприятие
1.9 Проведение молодыми учеными научных исследований по приоритетным направлениям науки, высоких технологий и образования
Общая биология, сравнительная физиология и геномика щелевых контактов, роль паннексинов.
профинансировано
Исследование сообществ микроорганизмов Мирового океана методами сравнительной геномики
профинансировано
Проведение научно-исследовательских работ по поиску новых источников соле- и засухоустойчивости зерновых культур методами сравнительной и функциональной геномики с использованием УСУ «Комплекс для проведения междисциплинарных исследований в области сравнительной и функциональной геномики растений»
Продолжительность работ
2012 - 2013, 12 мес.
Бюджетные средства
2,4 млн
Организация
ФГБОУ ВО РГАУ - МСХА имени К.А.Тимирязева
профинансировано
Научные исследования и разработка образовательных курсов и программ в области биоинформатики, сравнительной геномики и системной биологии
профинансировано
Проведение научных исследований с использованием УСУ «Комплекс для проведения междисциплинарных исследований в области сравнительной и функциональной геномики растений»
Продолжительность работ
2011 - 2012, 12 мес.
Бюджетные средства
4,9 млн
Организация
ФГБОУ ВО РГАУ - МСХА имени К.А.Тимирязева
профинансировано