Регистрация / Вход
Прислать материал

Проведение научных исследований молодыми учеными. Филогеномика высших многоклеточных.

Стадии проекта
Предложение принято
Конкурс завершен
Выполнение этапа проекта
Проект
02.442.11.7389
Организация
НИИ ФХБ МГУ
Продолжительность работ
2006, 8 мес.
Бюджетные средства
0,43 млн
Внебюджетные средства
0 млн

Информация отсутствует

Этапы проекта

1
28.02.2006 - 31.05.2006
Разработаны специальные алгоритмы и создан комплексный метод выявления и удаления информационного шума из множественного выравнивания, т.е. поиска и удаления отдельных строк и столбцов множественного выравнивания с низкой гомологией, для улучшения качества результирующих филогенетических деревьев. Получена функция для определения численной характеристики информативности колонки выравнивания, называемая условной энтропией.
Процедура вычисления количества информации в колонке выравнивания с использованием относительной энтропии применена для устранения информационного шума из имеющегося массива молекулярных данных по представителям высших многоклеточных животных.
Проведена экспериментальная молекулярно-биологическая работа по выделению и очистке тотальной ДНК, амплификации, клонированию и секвенированию новых генов для представителей следующих типов животных: Kamptozoa, Priapulida, Kinorhyncha и Tardigrada. Следующие гены были охарактеризованы: предсказанная ГТФ-аза (возможный фактор трансляции), фенилаланин-тРНК синтаза (альфа субъединица), аргинил-тРНК синтаза, рибосомальный белок S12, рибосомальный белок S7, рибосомальный белок S2, изолейцил-тРНК синтаза, рибосомальный белок L11, рибосомальный белок L1. Нуклеотидные последовательности перечисленных генетических маркеров были встроены в массив данных, который будет использоваться для построения макрофилогении многоклеточных животных на заключительном этапе выполнения НИР.
Развернуть
2
01.06.2006 - 02.10.2006
Экспериментально определенные генетические маркеры были встроены в имеющийся массив генетических данных по ключевым группам многоклеточных животных. Для этой цели разработаны алгоритмы, позволяющие встроить новые генетические данные в суперматрицу и провести её анализ с помощью (1) объединения числовых матриц попарных расстояний, вычисленных для индивидуальных выравниваний молекулярных последовательностей и (2) определения статистической достоверности дерева, построенного с использованием полученной матрицы, путем перевыбора исходных генов и отдельных последовательностей в пределах исходных генов, перевычисления итоговой матрицы и учета встречаемости отдельных узлов итогового дерева.

Проведен анализ массива генетических данных с применением методов филогеномики, работающих на принципах анализа суперматриц и построения супердеревьев. Анализ суперматрицы проведен с использованием гетерогенных моделей молекулярной эволюции, и ряд критериев использован для поиска оптимального супердерева. Использование ряда различных методов филогеномики для анализа геномных данных позволило использовать сравнительные достоинства каждого из них для определения разрешающей способности этих данных при построении мультигенного филогенетического древа высших многоклеточных.

Как итоговый результат НИР, современное многообразие планов строения животных помещено в филогенетический (эволюционный) контекст. Эта информация имеет высокое фундаментальное и прикладное значение, поскольку непосредственно способствует пониманию особенностей эволюции основных черт организации животных, таких, как тип раннего эмбриогенеза, ранний онтогенез и закладка полости тела.
Развернуть

Программа

Программа "Исследования и разработки по приоритетным направлениям развития науки и техники" на 2002-2006 годы

Программное мероприятие

1.9 Проведение молодыми учеными научных исследований по приоритетным направлениям науки, высоких технологий и образования
Тема
Выполнение научно-исследовательских, опытно-конструкторских и технологических работ молодыми учеными и преподавателями во время проведения стажировок в российских научно-образовательных центрах.
Продолжительность работ
2005 - 2006, 23 мес.
Бюджетные средства
28,8 млн
Количество заявок
174
Тема
Выполнение научно-исследовательских, опытно-конструкторских и технологических работ молодыми учеными и преподавателями во время проведения стажировок в зарубежных научно-образовательных центрах.
Продолжительность работ
2005 - 2006, 23 мес.
Бюджетные средства
17,6 млн
Количество заявок
42
Тема
Выполнение научно-исследовательских работ молодыми учеными и преподавателями во время проведения стажировок в зарубежных научно-образовательных центрах (в том числе с участием в конференциях, симпозиумах, семинарах, школах).
Продолжительность работ
2005 - 2006, 23 мес.
Бюджетные средства
46 млн
Количество заявок
153
Тема
Организационно-техническое обеспечение проведения Всероссийской научной школы для молодежи «Биомедицинская инженерия»
Продолжительность работ
2010, 8 мес.
Бюджетные средства
1,6 млн
Количество заявок
1
Тема
Организационно-техническое обеспечение проведения Всероссийской научной школы для молодежи «Ресурсосберегающие технологии переработки и утилизации техногенных образований и отходов горнодобывающей и металлургической промышленности»
Продолжительность работ
2010, 8 мес.
Бюджетные средства
1,6 млн
Количество заявок
4