Научно-методическое, организационное и материально-техническое обеспечение текущего содержания научного оборудования Байкальского аналитического центра коллективного пользования СО РАН научным оборудованием для проведения научно-исследовательских, опытно-конструкторских и технологических работ по приоритетным направлениям Программы.

В процессе выполнения первого этапа работ по Государственному контракту № 02.451.11.7035 от 29 августа 2005г Байкальским аналитическим центром коллективного пользования СО РАН осуществлялись исследования по следующим фундаментальным темам.
 Проект 26.1.4. Химическая геодинамика: геохимия магматических и метаморфических комплексов Северо-Азиатского кратона и его складчатого обрамления.
 Проект 28.1.1. Реконструкция геохимических характеристик природной среды различных климатических эпох позднего кайнозоя Сибири, Монголии и Арктики на основе изучения континентальных и морских осадочных разрезов.
 Программа 14.1. Строение, комплексообразование и реакционная способность перспективных классов органических и элементоорганических соединений по данным спектроскопии и квантовой химии. Рег. № 0120.0406372
 Направленный синтез химических соединений с заданными свойствами. Создание научных основ технологий получения и применения практически важных веществ и веществ специального назначения.
 Программа. 16.2. Тонкий органический синтез, включая синтез оптически активных соединений, полимеров и высокоэнергетических материалов.
 Проект: Новые методы, реакции и интермедиаты для тонкого органического синтеза на базе ацетилена и его производных. Рег. № 0120.0406373
 Проект: Разработка эффективных подходов к новым теоретически и практически важным классам функциональных халькогенорганических соединений на основе ацетилена, халькогенов и их производных. Рег. № 0120.0406375
 Исследование механизмов современного процесса видообразования методами классической и молекулярной биологии, биоинформатики и математического моделирования. № гос. рег. 0120.0 4036612
 Поиск и датирование событий резких изменений палеоклиматов центральной Азии, интерпретация высокоразрешающих осадочных летописей крупных озер, разработка возможных сценариев динамики климата на ближайшую перспективу. № гос. рег. 0120.0 403615
 Разработка и апробация комплексной системы химического, биологического и дистанционного мониторинга экологической системы озера Байкал, прогноз состояния экосистемы на ближайшее десятилетие. № гос. рег. 0120.0 403617
 Исследование биогеохимических процессов в литорали Байкала: биоразнообразие бентоса, приуроченность гидробионтов к минералам, механизмы биодеструкции, ключевые бентосные сообщества и их взаимодействие со средой обитания. № гос. рег. 0120.0.403613;