Научно-методическое и организационное сопровождение создания исследовательского университета на основе объединения Государственного образовательного учреждения высшего профессионального образования и Государственного научного учреждения.

В рамках выполнения второго этапа проекта разработано правовое, методическое и организационное обеспечение создания исследовательского университета. Проведены апробация предложенной модели объединения ГОУ ВПО и ГНУ.
Разработаны и представлены учебные магистерские программы в области физики, химии и геологии, предлагаемые к реализации в создаваемом Исследовательском университете. Проводится апробация этих программ на ряде факультетов ТГУ.
Разработаны и представлены проекты НИОКР в области композиционных материалов и нанотехнологтй, физики конденсированного состояния и полупроводниковой электроники, биологии, генетики, биофизики, экологии, предполагаемые к разработке в создаваемом Исследовательском университете. Проекты ориентированы на получение фундаментальных знаний и , на этой базе, на создание перспективных технологий и устройств.
  Выполнена разработка методического и материально-технического сопровождения функционирования и развития распределенного ЦКП ТГУ. За счет бюджетных и внебюджетных средств в ЦКП приобретено уникальное оборудование, позволяющее на высоком уровне проводить научные исследования и готовить специалистов. На базе ЦКП проведены исследования и подготовлены специалисты по направлениям разработанных проектов НИОКР.