Регистрация / Вход
Прислать материал

«Разработка алгоритмов, программ и учебных
курсов и проведение научных исследований в области биоинформатики и
сравнительной геномики»

Стадии проекта
Предложение принято
Конкурс завершен
Проект закончен
Проект
02.740.11.0101
Организация
ИППИ РАН
Руководитель работ
Кулешов Александр Петрович
Продолжительность работ
2009 - 2011, 26 мес.
Бюджетные средства
12,6 млн
Внебюджетные средства
6 млн

Информация отсутствует

Этапы проекта

1
15.06.2009 - 30.09.2009
Разработка программного обеспечения для поиска таксон-специфичных генов эукариот. Разработка программного обеспечения для анализа корреляций в белок-ДНКовых взаимодействиях. Изучение эволюции штаммов патогенов человека (Escherichia spp. и Yersinia spp.) и растений (Erwinia spp.). Изучение регуляции альтернативного сплайсинга за счет образования вторичных структур РНК в генах Drosophila spp. Реконструкция эволюции регуляции биосинтеза гистидина в Грам-положительных бактериях. Сравнительно-геномный анализ метаболических путей биосинтеза незаменимых аминокислот в симбиотическом комплексе Buchnera spp. – сосущие насекомые (тли).
Развернуть
2
01.10.2009 - 15.12.2009
Проведение патентных исследований. Разработка методов картирования коротких фрагментов последовательностей на геномы эукариот (с использованием данных, полученных методом Solexa/Illumina). Разработка алгоритмов реконструкции предковых последовательностей методом наибольшего правдоподобия. Создание веб-сервера, реализующего программное обеспечение для анализа корреляций в белок-ДНКовых взаимодействиях. Изучение регуляции альтернативного сплайсинга за счет образования вторичных структур РНК в генах млекопитающих и нематод. Исследование эволюции экзон-интронной структуры и альтернативного сплайсинга в геномах Drosophila spp. Описание эволюции сигналов связывания рибосом у прокариот. Идентификация регуляторных структур РНК, влияющих на экспрессию генов дрожжей. Описание ко-эволюции бактерий и фагов в метагеномах.
Развернуть
3
01.01.2010 - 30.06.2010
Разработка методов поиска кластеров регуляторных сигналов в геномах эукариот.
Разработка уточненных методов картирования коротких фрагментов последовательностей, включающих экзон-экзонные границы, на геномы эукариот (с использованием данных, полученных методом Solexa/Illumina).
Описание эволюции метаболического пути катаболизма этаноламина у бактерий, вызывающих пищевые отравления.
Анализ белок-ДНКовых взаимодействий в семействе факторов транскрипции LacI.
Сравнительно-геномный анализ семейства факторов транскрипции MerR и подготовка данных для исследования белок-ДНКовых взаимодействий в этом семействе.
Изучение эволюции экзон-интронной структуры и сплайсинга генов инфузорий.
Моделирование эволюции регуляторных структур РНК, влияющих на экспрессию генов рибосомных белков прокариот.
Исследование эволюции пост-трансляционных модификаций белков прокариот, дрожжей и млекопитающих.
Моделирование эволюции сайтов сплайсинга в геномах млекопитающих.
Развернуть
4
01.07.2010 - 15.12.2010
Разработка и реализация программного конвейера для идентификации регуляторных
сигналов в геномах прокариот.
Описание эволюции альтернативного сплайсинга в геномах ОгозорНПа зрр. с
использованием количественных данных Зо1еха/Шшшпа.
Аннотация генома инфузории ЕирЫез.
Анализ белок- ДНКовых взаимодействий в семействах факторов транскрипции МегЯ,
СКР/РМЯ, С-белков, метилаз.
Разработка методов анализа эволюции штаммов путем сопоставления полных
геномов: выделение основных и факультативных геномов.
Моделирование эволюции сайтов сплайсинга в геномах ОгозорЬПа зрр.
Моделирование регуляции за счет образования альтернативных структур РНК
типа Т-бокс.
Описание эволюции регуляции азот-фиксации альфа-протеобактерий.
Описание глобального регулона СоёУ Грам- положительных бактерий.
Развернуть
5
01.01.2011 - 30.04.2011
Описание возрастных изменений альтернативного сплайсинга генов человека.
Анализ взаимодействий белок-РНК для рибосомных белков.
Обобщение результатов по исследованию белок-ДНКовых взаимодействий.
Обобщение результатов по исследованию эволюции альтернативного сплайсинга.
Описание эволюции видов и штаммов Мейшпозагста зрр., в особенности, эволюции
регуляторных взаимодействий под влиянием горизонтального переноса генов.
Оценки скоростей эволюции геномов, потока генов между основным и
факультативным пан-геномом, проверка гипотезы об эволюции факультативного
генома за счет горизонтального переноса и основного генома за счет вертикального
наследования.
Разработка программы внедрения результатов НИР в образовательный процесс.
Регистрация объектов интеллектуальной собственности.
Развернуть
6
01.05.2011 - 31.08.2011
Обобщение результатов, полученных на предшествующих этапах исследования.
Подготовка итогового отчета.
Развернуть

Программа

Программа "Научные и научно-педагогические кадры инновационной России" на 2009 - 2013 годы

Программное мероприятие

1.1 Проведение научных исследований коллективами научно-образовательных центров
Продолжительность работ
2005, 1 мес.
Бюджетные средства
0,35 млн
Организация
ИБМХ
профинансировано
Продолжительность работ
2012 - 2013, 17 мес.
Бюджетные средства
2,92 млн
Организация
ИППИ РАН
профинансировано
Продолжительность работ
2009 - 2011, 24 мес.
Бюджетные средства
3,06 млн
Организация
ИОГен РАН
профинансировано
Тема
Научно-методическое и организационно-техническое сопровождение проведения 4-ой Международной конференции «Геномика, протеомика, биоинформатика и нанобиотехнологии для медицины (GPBNM-2008)».
Продолжительность работ
2008, 5 мес.
Бюджетные средства
0,5 млн
Количество заявок
1
Тема
Разработка, внедрение и применение интегрированного программного обеспечения, реализующего методы сравнительной геномики для функциональной аннотации генов, анализа регуляторных взаимодействий, реконструкции и моделирования метаболизма бактерий.
Продолжительность работ
2005 - 2006, 23 мес.
Бюджетные средства
6 млн
Количество заявок
2
Тема
Разработка алгоритмов и программных систем для решения задач анализа последовательностей, возникающих в теоретической и прикладной геномике
Продолжительность работ
2011 - 2012, 16 мес.
Бюджетные средства
50 млн
Количество заявок
13
Тема
Проведение международного сравнительного исследования качества граждановедческого образования в 2013 г. в Российской Федерации (ICCS)
Продолжительность работ
2013, 5 мес.
Бюджетные средства
5 млн
Количество заявок
1
Тема
Поиск и исследование методами масс-спектрометрии и биоинформатики новых ферментов для инженерной энзимологии
Продолжительность работ
2005 - 2006, 23 мес.
Бюджетные средства
6 млн
Количество заявок
2