Регистрация / Вход
Прислать материал

«Функциональная архитектура генома эукариотической клетки»

Стадии проекта
Предложение принято
Конкурс завершен
Проект закончен
Проект
02.740.11.0289
Организация
ИБГ РАН
Руководитель работ
Георгиев Павел Георгиевич
Продолжительность работ
2009 - 2011, 25 мес.
Бюджетные средства
12,6 млн
Внебюджетные средства
4 млн

Информация отсутствует

Участники проекта

Зам. руководителя работ
Вербовая Лиля Витальевна

Этапы проекта

1
07.07.2009 - 15.09.2009
На первом этапе выполнения Госконтракта проведены следующие работы:
- проведен комплекс экспериментов, направленный на изучение пространственной организации протяженного включающего альфа-глобиновые гены и окружающие их гены домашнего хозяйства
- проведено картирование участков прикрепления ДНК к ядерному матриксу в границах изучаемой области протяженностью 220 т.п.н.
- идентифицированны эритроид-специфичные участки прикрепления ДНК к ядерному матриксу и выявить принципиальные различия в пространственной организации изучаемого геномного фрагмента в эритроидных и неэритроидных клетках.
- продемонстрировано, что в препаратах прилежащей к ядерному матриксу ДНК наиболее хорошо представлены фрагменты ДНК, содержащие расположенный перед кластером альфа-глобиновых генов CpG островок, ORF TMEM8, эмбриональный α-глобиновый ген , удаленный регуляторный элемент домена альфа-глобиновых генов (MRE) и участок, расположенный после (в направлении центромеры) эритроид-специфического энхансера. - разработана новая методика анализа роли ядерного матрикса в поддержании взаимодействий между удаленными регуляторными элементами
- разработана модификация процедуры выделения ядерного матрикса с использованием эндонуклеаз рестрикции, позволяющая получить препараты ядерного матрикса, которые могут быть прямо исполдьзованы для последующего анализа частоты взаимодействий между различными фрагментами прилежащей к ядерному матриксу ДНК
- с использованием разработанного экспериментального подхода проанализированы взаимодействия между различными регуляторными элементами домена альфа-глобиновых генов кур. - проанализированы гены, кодирующие Zf-SCAN белки человека и Zf-ZAD белки дрозофилы: доменная структура изучаемых белков и их простарнственно-временные профили экспрессии
- отобраны белки для дальнейшего анализа. Для Zf-ZAD белков дрозофилы получены и проверены кДНК клоны
- получены кДНК библиотеки из семенников, мозга, сердца, легких, плаценты, почек для последующей амплификации и клонирования соответствующих молекул кДНК.
Развернуть
2
16.09.2009 - 15.12.2009
На втором этапе выполнения Госконтракта проведены следующие работы:
- создана библиотека полноразмерных кДНК клонов Zf-ZAD и Zf-SCAN белков в векторах для дрожжевой двугибридной системы.
- проведен комплекс экспериментов, направленный на изучение роли ядерного матрикса в поддержании пространственной организации протяженного участка домена альфа-глобиновых генов, включающего альфа-глобиновые гены и окружающие их гены домашнего хозяйства
- проведен комплекс экспериментов, направленный на изучение роли ядерного матрикса в организации активаторных блоков регуляторных элементов: показано пространственное взаимодействие CpG-островка домена альфа-глобиновых генов с промотором глобинового гена альфа-Д, геном P15 и CpG-островком, локализованном в области промотора гена Axin1. Показано, что тканеспецифичные регуляторные элементы, участвующие в сборке активаторного комплекса глобиновых генов, не ассоциируют на ядерном матриксе.
Развернуть
3
01.01.2010 - 30.06.2010
3.1. Отработка методов экспрессии Zf-SCAN
белков в дрожжевых клетках.
3.2. Идентификация Zf-SCAN белков, способных к образования стабильных гомо-и
гетеродимеров (эксперименты с дрожжевой двугибридной системой). 3.3. Оптимизация метода 3С для анализа
пространственной организации домена альфа-
глобиновых генов человека.
3.4. Анализ пространственной организации
домена альфа-глобиновых генов человека в
клетках К562 (до и после индукции синтеза глобинов).
Развернуть
4
01.07.2010 - 15.12.2010
4.1. Идентификация белков,
взаимодействующих с регуляторными
последовательностями, участвующими в
образовании различных активаторных
комплексов в модельных хроматиновых доменах:
фут-принтинг и иммунопреципитация хроматина.
4.2. Идентификация Zf-ZAD белков, способных к образования стабильных гомо-и
гетеродимеров (эксперименты с жрожжевой
двугибридной системой).
4.3. Анализ способности к димеризации
кандидатных коммуникаторных белков
(эксперименты т УПГО).
4.4. Разработка программы внедрения
результатов НИР в образовательный процесс.
4.5. Разработка экспериментальной стратегии
для изучения способности тестируемых белков
замыкать хроматиновую фибриллу в петли в
клетках дрозофилы.
4.6. Анализ пространственной организации
домена бета-глобиновых генов.
Развернуть
5
01.01.2011 - 30.04.2011
5.1. Идентификация белков,
взаимодействующих с регуляторными
последовательностями, участвующими в
образовании различных активаторных
комплексов в модельных хроматиновых доменах:
идентификация неизвестных компонентов
активаторных комплексов с использованием
техники коиммунопреципитации.
5.2. Характеристика кандидатных
коммуникаторных Zf-SCAN и Zf-ZAD белков:
анализ способности замыкать хроматиновую
фибриллу в петли (функциональные тесты с
использованием дрожжевой и дрозофилиной
модельных систем).
5.3. Проведение патентных исследований.
5.4. Анализ ядерной локализации
коммуникаторных белков в клетках,
дифференцированных по разным путям.
Развернуть
6
01.05.2011 - 31.08.2011
6.1. Анализ ядерной локализации изучаемых
геномных доменов в различных типах клеток.
6.2. Анализ распределения сайтов связывания
идентифицированных коммуникаторных белков
в модельных геномных доменах.
6.3. Демонстрация роли изучаемых Zf-SCAN белков в замыкании хроматиновых петель с
использованием метода инактивации гена
посредством РНК-интерференции. 6.4. Функциональный анализ фрагментов
модельных геномных доменов, участвующих в
образовании различных активаторных
комплексов. Идентификация новых регуляторных
элементов.
Развернуть

Программа

Программа "Научные и научно-педагогические кадры инновационной России" на 2009 - 2013 годы

Программное мероприятие

1.1 Проведение научных исследований коллективами научно-образовательных центров
Продолжительность работ
2018 - 2020, 34 мес.
Бюджетные средства
90 млн
профинансировано
Продолжительность работ
2010 - 2012, 26 мес.
Бюджетные средства
1,48 млн
Организация
ИБГ РАН
профинансировано
Продолжительность работ
2012 - 2013, 14 мес.
Бюджетные средства
0,74 млн
Организация
Томский НИМЦ
профинансировано
Тема
Разработка методологических основ создания информационного и программного обеспечения для анализа функционального эффекта полиморфизма белков человека, полученного из индивидуальных геномов.
Продолжительность работ
2009 - 2010, 14 мес.
Бюджетные средства
8 млн
Количество заявок
1
Тема
Разработка бессывороточных сред и добавок для культивирования эукариотических клеток
Продолжительность работ
2017 - 2019, 26 мес.
Бюджетные средства
100 млн
Количество заявок
1
Тема
Редактирование генома сельскохозяйственных растений для улучшения хозяйственных признаков
Продолжительность работ
2017 - 2019, 26 мес.
Бюджетные средства
46 млн
Количество заявок
0
Тема
Разработка архитектуры и основных компонентов унифицированной параметризованной платформы для высокопроизводительных «систем-на-кристалле».
Продолжительность работ
2007 - 2009, 25 мес.
Бюджетные средства
90 млн
Количество заявок
1
Тема
Разработка архитектур и технологий микросерверов для создания перспективных высокоплотных высокопроизводительных вычислительных систем
Продолжительность работ
2014 - 2016, 25 мес.
Бюджетные средства
70,88 млн
Количество заявок
2