Регистрация / Вход
Прислать материал

Разработка гетерогенной распределенной вычислительной системы для эффективного компьютерного моделирования сложных биосистем

Стадии проекта
Предложение принято
Конкурс завершен
Проект закончен

Информация отсутствует

Участники проекта

Зам. руководителя работ
Холодов Александр Сергеевич

Этапы проекта

1
09.03.2010 - 30.11.2010
1.1. Разработка генератора псевдо-случайных чисел для новейших архитектур графических процессоров, полностью оптимизированного для задач численного моделирования.
1.2. Программная реализация модели самоорганизующегося полимера для новейших архитектур графических процессоров, полностью оптимизированная для численных симуляций больших сложноорганизованных биосистем в неявном растворителе.
1.3. Оценка вычислительной точности молекулярных симуляций на базе разработанной модели самоорганизующегося полимера с использованием реализованного генератора псевдо-случайных чисел.
1.4. Разработка учебно-методических материалов к вновь создаваемому курсу «Моделирование биологических систем на GPU с использованием динамики Ланжевена».
1.5. Организация 2-х семинаров по темам: «Численное моделирование биологических систем с использованием динамики Ланжевена» и «Численное моделирование биологических систем с использованием полноатомной молекулярной динамики».
1.6. Организация и проведение патентных исследований
Развернуть
2
01.01.2011 - 01.11.2011
2.1. Программная реализация модели полноатомной молекулярной динамики в неявном растворителе для новейших архитектур графических процессоров, полностью оптимизированная для численных симуляций сложных биосистем.
2.2. Программная реализация модели полноатомной молекулярной динамики в явном растворителе для новейших архитектур графических процессоров, полностью оптимизированная для численных симуляций сложноорганизованных биосистем.
2.3. Интеграция разработанных моделей в единую гетерогенную распределенную вычислительную систему, использующую для компьютерного моделирования графические процессоры совместно с центральными многоядерными процессорами.
2.4. Оценка вычислительной точности молекулярных симуляций на базе разработанной гетерогенной распределенной вычислительной системы.
2.5. Разработка и апробация учебно-методических материалов к курсу «Моделирование биологических систем на GPU с использованием динамики Ланжевена».
2.6. Организация 2-х семинаров по темам: «Численное моделирование биологических систем с использованием динамики Ланжевена» и «Численное моделирование биологических систем с использованием полноатомной молекулярной динамики».
2.7. Разработка программы внедрения НИР в образовательный процесс.
Развернуть

Программа

Программа "Научные и научно-педагогические кадры инновационной России" на 2009 - 2013 годы

Программное мероприятие

1.5 Проведение научных исследований коллективами под руководством приглашенных исследователей
Продолжительность работ
2009 - 2011, 24 мес.
Бюджетные средства
5 млн
Организация
Университет ИТМО
профинансировано
Тема
Создание комплекса пакетов прикладных программ для моделирования сложных научных и промышленных задач на суперкомпьютерных системах терафлопного уровня и в распределенных вычислительных средах.
Продолжительность работ
2005 - 2006, 23 мес.
Бюджетные средства
10 млн
Количество заявок
2
Тема
Создание программно-вычислительного комплекса для компьютерного моделирования наноструктурных сорбентов и процессов адсорбции
Продолжительность работ
2014 - 2016, 26 мес.
Бюджетные средства
48,6 млн
Количество заявок
8
Тема
Разработка и реализация технологий решения вычислительно-сложных задач на базе распределенных неоднородных вычислительных ресурсов.
Продолжительность работ
2005 - 2006, 23 мес.
Бюджетные средства
6,3 млн
Количество заявок
12
Тема
Разработка алгоритмов и методов решения многопараметрических многокритериальных оптимизационных гидродинамических задач с использованием распределенных вычислений, включая Grid-вычисления на вычислительных системах гетерогенной архитектуры.
Продолжительность работ
2009 - 2010, 14 мес.
Бюджетные средства
13 млн
Количество заявок
2
Тема
Разработка вычислительно-информационных технологий компьютерного моделирования на параллельных вычислительных комплексах травматологических и операционных процессов для оперативной выработки диагностических и лечебных рекомендаций.
Продолжительность работ
2009 - 2010, 14 мес.
Бюджетные средства
10 млн
Количество заявок
2