Регистрация / Вход
Прислать материал

Исследование динамики конформационных изменений ДНК вызванных факторами структурной перестройки хроматина методами оптической ловушки
(«лазерный пинцет») и молекулярного моделирования

Информация отсутствует

Участники проекта

Зам. руководителя работ
Петухов Михаил Геннадьевич

Этапы проекта

1
10.06.2010 - 30.11.2010
1.1. Анализ научно-технической литературы.
1.2. Разработка методов экспрессии и очистки белков TIP49a и TIP49b путем:
- экспрессии и выделения человеческих белков TIP49a и TIP49b (белок дикого типа и мутанты) в бактериальных клетках Escherichia coli;
- оптимизации уровня экспрессии на основе стандартных методик;
- выделения рекомбинантных His-tagged белков TIP49a и TIP49b на Никель/Кобальт;
- определения чистоты и количества очищенных белков методами SDS-PAGE и Бредфордa, соответственно.
1.3. Измерение активности выделенных белков (гидролиз АТФ (аденозинтрифосфат), связывание и разворачивание ДНК).
1.4. Наработка достаточного количества ДНК для приготовления субстратов (ПЦР (полимеразной цепной реакции) с использованием модифицированных dNTP, рестрикционный анализ и легирование) с помощью PAGE очистки.
1.5. Приготовление субстратов, содержащих гибкие последовательности ДНК.
1.6. Исследование динамики ДНК-субстратов методом оптической ловушки в уникальной установке для исследования динамики нанобиомашин.
1.7. Визуализация подвижности ДНК с помощью флуоресцентных интерколяторов и белков, связывающих ДНК.
1.8. Исследование на одномолекулярном уровне зависимости геометрических размеров ДНК от величины внешнего воздействия методом оптической ловушки.
1.9. Моделирование эластичности ДНК с помощью физических моделей, используемых в литературе.
1.10. Проведение научно-практического семинара по теме: «Исследование механизмов связывания ДНК и гидролиза АТФ геликазами человека TIP49A/B».
Развернуть
2
01.01.2011 - 30.06.2011
2.1. Исследование методом оптической ловушки взаимодействий белков TIP49a/TIP49b с ДНК-субстратами, содержащими гибкие последовательности ДНК.
2.2. Исследование с помощью лазерного пинцета возможного влияния нуклеотидных кофакторов (АТФ, АДФ, АМФ, АТФγS и AMP-PNP) на динамические характеристики исследуемых молекулярных комплексов белков дикого типа.
2.3. Исследование с помощью лазерного пинцета возможного влияния нуклеотидных кофакторов (АТФ, АДФ (аденозиндифосфат), АМФ (аденозинмонофосфат), АТФγS и AMP-PNP) на динамические характеристики исследуемых молекулярных комплексов модифицированных белков.
2.4. Проведение патентных исследований в соответствии с ГОСТ Р 15.011-96
Развернуть
3
01.07.2011 - 15.11.2011
3.1. Построение компьютерных моделей комплексов человеческих белков TIP49a/TIP49b отдельно и в комплексе с кофакторами АДФ, АТФ и ДНК.
3.2. Исследование коформационной подвижности белков и их комплексов с ДНК с помощью вычислительных методов молекулярной динамики в рамках модели периодического водного бокса.
3.3. Анализ результатов молекулярного моделирования, влияющих на биологическую активность белков TIP49a/TIP49b.
3.4. Разработка программ внедрения результатов НИР в образовательный процесс.
3.5. Проведение научного семинара на тему: «Крупномасштабная конформационная подвижность белков TIP49/A и B в моно- и гексамерном состоянии».
Развернуть

Программа

Программа "Научные и научно-педагогические кадры инновационной России" на 2009 - 2013 годы

Программное мероприятие

1.5 Проведение научных исследований коллективами под руководством приглашенных исследователей
Продолжительность работ
2010 - 2012, 25 мес.
Бюджетные средства
1,8 млн
Организация
МЛЦ МГУ
профинансировано
Продолжительность работ
2009 - 2011, 25 мес.
Бюджетные средства
5,5 млн
Организация
Университет ИТМО
профинансировано
Тема
Разработка диагностических критериев патологий мужского бесплодия на основе особенностей молекулярных и структурных модификаций инактивированного хроматина сперматозоидов.
Продолжительность работ
2008 - 2009, 17 мес.
Бюджетные средства
7,8 млн
Количество заявок
1
Тема
Разработка методики, математической модели и программного обеспечения для моделирования конформационной подвижности структур белков.
Продолжительность работ
2012, 6 мес.
Бюджетные средства
10 млн
Количество заявок
2
Тема
Организационно-техническое обеспечение проведения всероссийской молодежной конференции «Когнитивное моделирование: динамика гражданского общества и фактор национально-конфессиональной толерантности
Продолжительность работ
2011, 3 мес.
Бюджетные средства
0 млн
Количество заявок
1
Тема
Разработка алгоритмов анализа и интеграции данных рентгеновского рассеяния, электронной микроскопии и методов молекулярного моделирования для исследования структуры и динамики биомакромолекул и их комплексов.
Продолжительность работ
2012 - 2013, 17 мес.
Бюджетные средства
52 млн
Количество заявок
6
Тема
Теоретическое моделирование и синтез фотоуправляемых молекулярных переключателей и сред для высокоемкой молекулярной памяти как основных компонент элементной базы молекулярного компьютера.
Продолжительность работ
2008, 3 мес.
Бюджетные средства
1,2 млн
Количество заявок
2