Регистрация / Вход
Прислать материал

Разработка алгоритмов для биоинформационного анализа комплексных метаболических и молекулярно-генетических сетей

Стадии проекта
Предложение принято
Конкурс завершен
Проект закончен
Проект
14.740.11.0001
Организация
ИЦиГ СО РАН

Выполнение НИР должно обеспечивать достижение научных результатов мирового уровня, подготовку и закрепление в сфере науки и образования научных и научно-педагогических кадров, формирование эффективных и жизнеспособных научных коллективов, развитие международного сотрудничества в научно-технической сфере

Соисполнители

Организация
ООО "ПБ-софт"

Участники проекта

Зам. руководителя работ
Иванисенко Владимир Александрович
Зам. руководителя работ
Деменков Павел Сергеевич

Этапы проекта

1
27.07.2010 - 30.11.2010
1.1 Создание словаря продуктов генов, представленном в виде названий объектов, их синонимов и ссылок на связанные с ними информационные ресурсы, с использованием информации из фактографических баз данных.
1.2 Создание словаря генов, представленном в виде названий объектов, их синонимов и ссылок на связанные с ними информационные ресурсы, с применением фактографической базы.
1.3 Создание словаря метаболитов, представленном в виде названий объектов, их синонимов и ссылок на связанные с ними информационные ресурсы, с использованием информации из фактографических баз данных.
1.4 Создание словаря клеточных компонент, представленном в виде названий объектов, их синонимов и ссылок на связанные с ними информационные ресурсы, с применением фактографических баз данных.
1.5 Создание словаря клеток, представленном в виде названий объектов, их синонимов и ссылок на связанные с ними информационные ресурсы, с использованием информации из фактографических баз данных.
1.6 Создание словаря заболеваний, представленном в виде названий объектов, их синонимов и ссылок на связанные с ними информационные ресурсы, с использованием информации из фактографических баз данных.
1.7 Создание словаря биологических процессов, представленном в виде названий объектов, их синонимов и ссылок на связанные с ними информационные ресурсы, с применением фактографических баз данных.
1.8 Разработка метода расширения словарей путем добавления новых синонимов к существующим названиям объектов на основе анализа научных текстов.
1.9 Разработка метода расширения словарей путем добавления названий и синонимов новых объектов, посредством их извлечения из научных текстов.
1.10 Интерактивная проверка разработанных словарей названий и синонимов объектов с привлечением экспертного анализа.
1.11 Расширение созданных словарей с применением разработанных методов добавления новых синонимов для имен представленных в них объектов и добавления названий и синонимов новых объектов.
Развернуть
2
01.01.2011 - 30.06.2011
2.1 Разработка методов представления различных типов молекулярно-генетических сетей (метаболические, транспортные, регуляторные пути, интерактомные сети и т.д.), обеспечивающих их интеграцию, визуализацию и возможность анализа.
2.2 Разработка нового формата шаблонов, используемых для извлечения информации о взаимодействиях из текстов.
2.3 Расширение количества шаблонов для более полного извлечения информации о взаимодействиях между объектами из текстов.
2.4 Адаптация ранее разработанных программных средств, используемых для извлечения и интеграции знаний о молекулярно-генетических взаимоотношениях между объектами из фактографических баз данных и научных текстов.
2.5 Адаптация ранее разработанных шаблонов к новому формату представления.
Развернуть
3
01.07.2011 - 30.11.2011
3.1 Адаптация структуры ранее разработанной базы данных ассоциативных сетей, для представления в ней информации о взаимодействиях и ассоциациях между объектами, в том числе специализированными молекулярно-генетическими сетями (метаболические, транспортные, регуляторные пути, интерактомные сети и т.д.).
3.2 Извлечение информации о специализированных молекулярно-генетических сетях из фактографических баз данных (MINT, DIP, KEGG и др.) и наполнение базы данных.
3.3 Анализ текстов базы данных PubMed с целью извлечения дополнительных знаний и фактов о молекулярно-генетических взаимодействиях между специализированными молекулярно-генетическими сетями.
3.4 Извлечение информации о специализированных молекулярно-генетических сетях из фактографической базы данных IntAct и наполнение базы данных.
Развернуть
4
01.01.2012 - 31.07.2012
4.1 Разработка методов предсказания новых молекулярных взаимодействий белков на основе предсказания в их третичной структуре сайтов связывания с различными лигандами.
4.2 Разработка метода предсказания новых белок-белок взаимодействий путем анализа первичной структуры белков.
4.3 Интеграция специализированных молекулярно-генетические сетей с использованием методов предсказания молекулярных взаимодействий.
4.4 Разработка программы внедрения НИР в образовательный процесс.
4.5 Разработка методов предсказания новых молекулярных взаимодействий белков на основе предсказания в их первичной структуре сайтов связывания различных лигандов.
Развернуть
5
01.08.2012 - 15.12.2012
5.1 Разработка методов анализа ассоциативных сетей на основе методов теории графов и дискретной математики, направленных на выявление особенностей их структурно-функциональной организации.
5.2 Разработка программного обеспечения для интерактивной визуализации сложных сетей с семантической разметкой.
5.3 Разработка программного обеспечениия для анализа сложных сетей с семантической разметкой.
5.4 Проведение патентных исследований.
5.5 Разработка метода поиска замкнутых контуров в сложных сетях с семантической разметкой.
Развернуть

Программа

Программа "Научные и научно-педагогические кадры инновационной России" на 2009 - 2013 годы

Программное мероприятие

1.1 Проведение научных исследований коллективами научно-образовательных центров
Продолжительность работ
2010 - 2012, 27 мес.
Бюджетные средства
11,8 млн
Организация
ИЦиГ СО РАН
профинансировано
Продолжительность работ
2010 - 2012, 29 мес.
Бюджетные средства
9,9 млн
Организация
ИМБ РАН
профинансировано
Продолжительность работ
2010 - 2012, 30 мес.
Бюджетные средства
8 млн
Организация
МИЭТ
профинансировано
Тема
«Проведение научных исследований коллективами научно-образовательных центров, принимающих участие в 7-й Рамочной Программе Евросоюза в области технических и естественных наук»
Продолжительность работ
2010 - 2012, 30 мес.
Бюджетные средства
15 млн
Количество заявок
67
Тема
«Проведение научных исследований коллективами научно-образовательных центров в области cистемной биологии, биоинформатики и промышленной биотехнологии совместно с научными организациями Германии».
Продолжительность работ
2010 - 2012, 29 мес.
Бюджетные средства
15 млн
Количество заявок
30
Тема
Проведение научных исследований коллективами научно-образовательных центров совместно с малыми инновационными предприятиями в области энергосбережения
Продолжительность работ
2010 - 2012, 28 мес.
Бюджетные средства
15 млн
Количество заявок
72
Тема
Проведение научных исследований коллективами научно-образовательных центров совместно с малыми инновационными предприятиями в области информационно-телекоммуникационных технологий
Продолжительность работ
2010 - 2012, 28 мес.
Бюджетные средства
15 млн
Количество заявок
65
Тема
Проведение научных исследований коллективами научно-образовательных центров совместно с малыми инновационными предприятиями в области высокотехнологичной медицинской техники
Продолжительность работ
2010 - 2012, 28 мес.
Бюджетные средства
15 млн
Количество заявок
52