Системно-функциональный анализ альтернативного сплайсинга

1.1. Разработка методов картирования секвенированных фрагментов на геном.
1.2. Разработка методов фильтрации неправильно или неоднозначно картированных фрагментов.
1.3. Разработка методов нормализации покрытия.

2.1 Разработка методов определения частоты альтернативно сплайсируемых вариантов на основе анализа эккзон-экзонных границ и покрытия альтернативных сегментов.
2.2 Идентификация новых вариантов альтернативного сплайсинга.
2.3 Проведение патентных исследований.
2.4 Оценка стабильности наблюдаемых частот включения в технических и биологических репликах.
2.5 Оценка устойчивости данных о покрытии в технических и биологических репликах.

3.1 Сопоставление частот вариантов альтернативного сплайсинга в зависимости от ткани и возраста.
3.2 Выделение альтернативных сегментов и генов со статистически различиями во включении.
3.3 Сопоставление результатов, получаемых при использовании экзон-экзонных границ и покрытия сегментов.
3.4 Изучение альтернативного сплайсинга генов серотонэргической системы в коре и мозжечке и его возрастных изменений.

4.1 Исследование влияния на альтернативный сплайсинг изменения уровня экспрессии факторов сплайсинга (нокаут и гиперэкспрессия).
4.2 Поиск генов, регулируемых факторами сплайсинга из семейства L-подобных белков.
4.3 Исследование тканевой и возрастной специфичности экспрессии некодирующих РНК.
4.4 Исследование химерных транскриптов в сопоставлении с данными о пространственной структуре хроматина в клетке.

5.1 Классификация альтернативно сплайсируемых сегментов и генов в зависимости от тканевой и возрастной специфичности.
5.2 Оценка функциональных особенностей генов в получаемых классах.
5.3 Поиск потенциальных регуляторов возраст-зависимого альтернативного сплайсинга.
5.4 Разработка программы внедрения результатов НИР в образовательный процесс.
5.5 Исследование возрастных особенностей альтернативного сплайсинга и уровней экспрессии дуплицированных генов.

6.1 Сопоставление данных о включении альтернативных сегментов в зрелые мРНК у эволюционно близких организмов.
6.2 Обобщение результатов, полученных на предыдущих этапах.
6.3 Регистрация интеллектуальной собственности.
6.4 Подготовка итогового отчета.
6.5 Сопоставление полученных данных об эволюции альтернативного сплайсинга и о частотах нуклеотидных замен в соответствующих генах.