Разработка программных средств для анализа способов реализации генетической информации на различных уровнях строения биосистем в процессах их функционирования.

1.1 Анализ научно-технической литературы, нормативно-технической документации и других материалов, относящихся к разрабатываемой теме.
1.2 Исследование принципов построения интегрированной системы анализа генетической информации.
1.3 Предварительная разработка структуры входных и выходных данных. Разработка общего описания алгоритмов программного комплекса, соответствующих пунктам 1), 2), 3), 4), 5), 6), 7), 8), 9), 10), 11), 12) раздела 4.3. Технического задания.
Участие соисполнителей ПГУ и ВГУ в разработке алгоритмов по пунктам 3), 5) и 6) ТЗ соответственно.
1.4 Проведение патентных исследований по ГОСТ 15.011-96 программных компонентов, не имеющих зарубежных аналогов (соответствующих пунктам 6), 9), 10), 11) раздела 4.3. ТЗ).
1.5 Составление промежуточного отчета.

Проведен анализ научно-технической литературы, нормативно-технической документации и других материалов, относящихся к разрабатываемой теме. Исследованы принципы построения интегрированной системы анализа генетической информации. Закончена предварительная разработка структуры входных и выходных данных. Разработана структура алгоритмов программного комплекса, а также системы их взаимодействия в рамках единой системы. Проведены патентные исследования по ГОСТ 15.011-96.

Результаты работы на отчётном третьем промежуточном этапе:
- разработана программная документация для каждого компонента,
- составлены программы и методики тестовых испытаний,
- описаны результаты тестовых испытаний для каждого компонента,
- проведены проблемно-ориентированные исследования в заданных направлениях.

- определены картины периодичностей в генетических текстах с выделением вырожденных тандемных повторов;
  - сегментирован на однородные блоки геном человека;
  - выделены характерные участки, содержащие кластеры сайтов связывания специфичных к ДНК факторов;
  - уточнена аннотация 10 вновь секвенированных геномов;
  - определена степень полиморфизма двойной спирали ДНК как сложной функции структуры от последовательности оснований;
  - проведён расчет структуры представляющих наибольший биологический интерес РНК;
  - прогнозированы с вероятностью 0,8, не менее, вторичные структуры белков, включая структуру типа полипролин II;
  - создана база данных структурных доменов и линкеров белков;
  - определены физико-химические факторы, вносящие вклад в формирование пространственной структуры белковой молекулы;
  - осуществлён анализ вклада отдельных генов и отдельных аллелей внутри гена в конкретные мультигенные заболевания;
  - создана база данных, на основе выявляются характерные особенности различных классов мутаций (патогенные, онкогенные, функционально нейтральные) в белках человека и других видов;
  - проведена корректировка и доработка программных компонентов и программной документации, обобщены результаты предыдущих этапов работ.