Регистрация / Вход
Прислать материал

Разработка, внедрение и применение интегрированного программного обеспечения, реализующего методы сравнительной геномики для функциональной аннотации генов, анализа регуляторных взаимодействий, реконструкции и моделирования метаболизма бактерий.

Стадии проекта
Предложение принято
Конкурс завершен
Выполнение этапа проекта
Проект
02.434.11.1009
Организация
ИППИ РАН

Разработка, программная реализация и практическое применение методов сравнительной геномики для идентификации и функциональной аннотации генов, выделения регуляторных сигналов, метаболической реконструкции и моделирования.

Соисполнители

Организация
НИИ ФХБ МГУ

Этапы проекта

1
21.06.2005 - 15.09.2005
2
16.09.2005 - 08.12.2005
Проведен анализ научно-технической литературы, нормативно-технической документации и других материалов, относящихся к данной теме. Разработана общая структура разрабатываемого программного комплекса, структура программных компонентов, общее а затем и детальное описание алгоритмов (распознавания генов, идентификации регуляторных сигналов, сравнительно-геномного анализа, определения специфичности белков), предварительная структура входных и выходных данных. Проведены патентные исследования. Предварительно разработаны методические указаня по использованию программного комплекса. Достигнуты индикаторные показатели:проведено 2 проблемно-ориентированных исследования, опубликовано 6 статей в междунаролных научных журналах с импакт-фактором 4 (по ТЗ - 4 публикации), защищена 1 диссертация.
Развернуть
3
01.01.2006 - 30.06.2006
Целью работы является разработка, внедрение и применение интегрированного программного обеспечения, реализующего методы сравнительной геномики для функциональной аннотации генов, анализа регуляторных взаимодействий, реконструкции и моделирования метаболизма бактерий. Область применения создаваемой системы – широкий спектр задач анализа метаболизма и генной регуляции бактерий. Особенностью разрабатываемой системы является включение в состав единого комплекса компонент для решения всех основных задач сравнительной геномики и функциональной аннотации генов, что способствует существенному повышению эффективности работы эксперта-аннотатора.
Результаты работы на отчётном промежуточном этапе:
- разработана методика тестирования программных компонентов распознавания генов и идентификации регуляторных сигналов;
- созданы программные компоненты комплекса программного моделирования (КПМ) (программы распознавания генов, идентификации регуляторных сигналов, сравнительно-геномного анализа, определения специфичности белков, рабочее место эксперта-аннотатора);
- предложена программа тестирования и проведено тестирование компонентов КПМ;
- в качестве тестирования КПМ в целом (построены метаболические и регуляторные модели систем ответа на стресс систем вирулентности и систем синтеза витаминов и аминокислот);
- проведены проблемно-ориентированные поисковые исследования фундаментального характера, по приоритетным направлениям научно-технологического развития с использованием программных компонентов определения функциональной специфичности белков и выделения групп ортологичных белков;
- подготовлен комплект программной документации по КПМ;
- по результатам тестирования проведена доработка методических указаний по использованию комплекса программного моделирования.
Развернуть
4
01.07.2006 - 31.10.2006
Целью работы является разработка, внедрение и применение интегрированного программного обеспечения, реализующего методы сравнительной геномики для функциональной аннотации генов, анализа регуляторных взаимодействий, реконструкции и моделирования метаболизма бактерий. Область применения создаваемой системы – широкий спектр задач анализа метаболизма и генной регуляции бактерий. Особенностью разрабатываемой системы является включение в состав единого комплекса компонент для решения всех основных задач сравнительной геномики и функциональной аннотации генов, что способствует существенному повышению эффективности работы эксперта-аннотатора.
Результаты работы на отчётном промежуточном этапе:
- доработаны методические указания для обучения пользователей использованию комплекса программного моделирования, подготовлены тестовые примеры и контрольные задания;
- проведено дополнительное патентное исследование;
- проведена доработка и корректировка комплекса программного моделирования и его программных компонентов;
- проведена доработка программной документации для комплекса программного моделирования и отдельных компонентов;
- проведены дополнительные тестовые исследования: исследование регуляторных систем штаммов биоочистки и глобальных регуляторных систем;
- составлен итоговый отчет.
Развернуть

Программа

Программа "Исследования и разработки по приоритетным направлениям развития науки и техники" на 2002-2006 годы

Программное мероприятие

1.2 Проблемно-ориентированные поисковые исследования фундаментального характера
Продолжительность работ
2011 - 2013, 29 мес.
Бюджетные средства
2,4 млн
Организация
ИППИ РАН
профинансировано
Продолжительность работ
2007, 8 мес.
Бюджетные средства
4,3 млн
профинансировано
Тема
Разработка, внедрение и применение интегрированного программного обеспечения, реализующего методы сравнительной геномики для функциональной аннотации генов, анализа регуляторных взаимодействий, реконструкции и моделирования метаболизма бактерий.
Продолжительность работ
2005 - 2006, 23 мес.
Бюджетные средства
6 млн
Количество заявок
2
Тема
Разработка алгоритмов и программных систем для решения задач анализа последовательностей, возникающих в теоретической и прикладной геномике
Продолжительность работ
2011 - 2012, 16 мес.
Бюджетные средства
50 млн
Количество заявок
13
Тема
Идентификация перспективных мишеней действия новых лекарственных препаратов на основе реконструкции генных сетей
Продолжительность работ
2005 - 2006, 23 мес.
Бюджетные средства
6 млн
Количество заявок
5
Тема
Разработка способов направленной коррекции функциональной активности популяций клеток иммунной системы с помощью эндогенных регуляторных молекул.
Продолжительность работ
2008, 3 мес.
Бюджетные средства
1,2 млн
Количество заявок
3
Тема
Разработка методов идентификации и анализа патогенности и/или лекарственной устойчивости бактерий для создания диагностических тест-систем.
Продолжительность работ
2011 - 2012, 21 мес.
Бюджетные средства
24 млн
Количество заявок
11