Идентификация факторов ангиогенеза, ассоциированных с агрессивным течением опухолевых заболеваний

В ходе выполнения проекта, в полном соответствии с календарным планом, были собраны коллекция опухолей и нормальных тканей, включающие образцы рака толстой кишки (120 образцов), немелкоклеточного рака легкого (78 образцов), молочной железы (44 образца), светлоклеточной карциномы почки (38 образцов), яичника (31 образец), сарком мягких тканей (12 образцов). Из этих образцов выделены высокоочищенные препараты РНК и получены препараты кДНК.
На основе анализа биомедицинской литературы, посвященной геномным, транскриптомным и протеомным изменениям при раке толстой кишки (РТК), немелкоклеточном раке легкого (НМРЛ) и светлоклеточной карциноме почки (СКП) (более 2700 источников за 1998-2007 гг.), создана база данных по изменениям уровней мРНК и белков в этих карциномах. Отобраны гены, отвечающие за процессы ангиогенеза и межклеточного взаимодействия, представляющие наибольший интерес в качестве вероятных биомаркеров степени агрессивности этих видов рака. Для этих генов подготовлены наборы олигонуклеотидных праймеров для дальнейшего исследования функционального состояния этих генов при РТК, НМРЛ и СКП. Также проведен биоинформатический поиск потенциальных генов-биомаркеров РТК, НМРЛ и СКП на основе комплексного анализа баз данных клонотек экпрессирующихся нуклеотидных последовательностей (EST), полученных из РНК нормальных и опухолевых клеток толстой кишки. При этом выявлены наиболее перспективные в качестве потенциальных биомаркеров генов, уровень мРНК которых, определенный по числу клонов EST, наиболее достоверно различается в норме и опухоли. Проведен патентный поиск по имеющимся методам транскриптомной диагностики РТК, НМРЛ и СКП и определена патентная чистота выявленных нами потенциальных биомаркеров. Разработаны ПЦР-тесты, направленные на количественное определение уровня экспрессии важнейших генов системы ангиогенеза.
Помимо этого, проведены научно-исследовательские работы по отработке методов оценки функциональной активности эндотелиальных клеток в перевиваемой культуре линии EA.Hy.926. Осуществлена оценка изменений функциональной активности эндотелиальных клеток в перевиваемой культуре эндотелиальных клеток человека линии EA.Hy.926 под влиянием ростовых факторов и цитокинов..Выполнены эксперименты, направленные на анализ пригодности разработанной экспериментальной системы для оценки проангиогенной и антиангиогенной активности биологически активных препаратов.

Произведён анализ РНК-экспрессии генов, вовлечённых в механизмы миграции и адгезии эндотелиальных клеток (MMP2, MMP7, MMP8, ММP9, B-cadherin, E-cadherin, tPA, PAI-I, COX2 и т.д.).
  Выполнен анализ интенсивности процессов сосудообразования в опухолях, применяя иммуногистохимическую детекцию соответствующих маркеров (CD31, CD34, endoglin, integrin-alpha-epsilon-beta-3 и т.д.).
  Сформирована панель из 5 молекулярных маркеров, ассоциированных с неблагоприятным прогнозом онкологического заболевания.
  Подобран спектр химических и биологических ингибиторов ангиогенеза, блокирующих активность выбранных маркеров в условиях in vitro, т.е. в культуре эндотелиальных клеток.

Была сформирована панель из 6 молекулярных маркеров (HYAL1, HYAL2, MMP2, MMP9, COX2, VEGFR1), позволяющая прогнозировать инвазивность и метастазирование опухолей.
  Проведены научно-исследовательские работы по изучению механизмов действия некоторых ингибиторов ангиогенеза.
  В ходе выполнения этапа опубликовано 8 статей, защищено 2 кандидаских диссертации, подготовлены заявки на 3 патента.