Анализ новых ингибиторов бактериальной РНК-полимеразы на основе белков бактериофагов и аптамеров и изучение транскрипционных свойств неканонических РНК-полимераз

1.1. Выбор и обоснование принятого направления исследований.
1.2. Разработка усовершенствованного высокоэффективного метода выделения белков бактериофагов из клеток бактерий с использованием аффинной коиммунопреципитации.
1.3. Выделение белков gp39, gp76 и gp18 из термофильных бактериофагов P23-45 и YS40.
1.4. Выделение новых регуляторных белков бактериофагов P23-45, YS40, G17 и G20, связывающихся с РНК-полимеразой T. thermophilus.
1.5. Проведение отбора оцДНК-аптамеров к холоферментам РНК-полимераз E. coli, T. thermophilus и T. aquaticus.
1.6. Анализ участков связывания регуляторных белков бактериофагов с РНК-полимеразами E. coli и T. thermophilus.
1.7. Анализ участков связывания аптамеров с холоферментами РНК-полимераз E. coli, T. thermophilus и T. aquaticus.
1.8. Анализ механизма подавления активности РНК-полимеразы белками бактериофагов и аптамерами на разных стадиях транскрипции.
1.9. Создание структурной модели расположения участков связывания ингибиторов разных типов (белков бактериофагов и аптамеров) на поверхности РНК-полимеразы.
1.10. Проведение научного семинара по теме «Регуляция экспрессии генов в геномах бактериофагов в процессе инфекции».

2.1. Проведение патентных исследований по ГОСТ 15.011-96.
2.2. Анализ механизма инициации транскрипции ранних фаговых промоторов РНК-полимеразой Р23-45 in vitro и in vivo.
2.3. Изучение механизмов элонгации и терминации транскрипции РНК-полимеразы Р23-45.
2.4. Анализ механизмов нематричного синтеза РНК-полимеразы Р23-45.
2.5. Поиск дополнительных фаговых факторов, необходимых для функционирования фермента.
2.6 Создание in vitro системы для высокоэффективной транскрипции с использованием РНК-полимеразы Р23-45.
2.7. Клонирование генов гипотетических РНК-полимераз C. glutamicum и K. lactis.
2.8. Экспрессия и выделение гипотетических РНК-полимераз из штаммов E. coli и дрожжей S. cerevisiae и K. lactis.
2.9. Изучение свойств гипотетических РНК-полимераз в тестах по транскрипции in vitro.
2.10. Обобщение результатов предыдущих этапов работ.
2.11. Разработка программы внедрения результатов НИР в образовательный процесс.
2.12. Проведение научного семинара по теме «Механизмы регуляции транскрипции белками бактериофагов».