Технология молекулярного дизайна сложныхтбиоструктур, содержащих мембранный компонент

Анализ имеющихся данных о типах силовых полей и параметрах протоколов расчетов.
Сравнительная оценка различных вариантов молекулярного моделирования.
Обоснование выбираемых протоколов. Сопоставление ожидаемых результатов расчетов с литературными данными. Разработка методики проведения МД расчетов. Составление промежуточного отчета

Разработаны полноатомные молекулярные модели мембранных структур и их комплексов с белками и пептидами. Накоплены траектории мембранных систем. Вычислены значения равновесных и флуктуационных параметров объема, давления и температуры. Разработана методика моделирования сложных липидных структур. Проведено сопоставление результатов вычислительных экспериментов с результатами расчетов других авторов и экспериментальными данными. Составлен промежуточный отчет.

Государственный контракт от 8 ноября 2005 года 02.434.11.7013 в рамках ФЦНТП «Исследования и разработки по приоритетным направлениям развития науки и техники на 2002-2006 годы»
Целью работы является создание современных методов молекулярного дизайна биомолекулярных структур, содержащих мембранный компонент.
В ходе работы были разработаны полноатомные молекулярные модели мембранных структур и их комплексов с белками и пептидами.
Обобщены данные и разработан технологический регламент для молекулярного дизайна сложных биоструктур, содержащих мембранный компонент. Проведено дополнительное накопление траекторий мембранных систем с белками и пептидами. Откорректированы значения ряда равновесных и флуктуационных параметров.
Проведено обобщение результатов вычислительных экспериментов. Проведена оценка полноты и эффективности методики молекулярно-динамических расчётов и моделирования сложных липидных структур при решении задач молекулярного дизайна в сравнении с современным научно-техническим уровнем.
Разработанный в данной работе подход применён при изучении взаимодействия мембранных структур с мембранно-активными пептидами.
В ходе работы продемонстрирована возможность создания конкурентно способной продукции и услуг в области молекулярного дизайна.